Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i enebærkrat en høj dækning af vedplanter, en moderat dækning af dværgbuske, samt en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 16-19 i Fredshavn og Nygaard 2014). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. I enebærkrat tillægges dækningen af høje græsser og urter, vedplanter og invasive plantearter græsning, tegn på eutrofiering samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (se Tabel 5130.105).

Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 5130.105. Det er primært dækningen af høje græsser og urter, vedplanter og invasive plantearter, andelen af arealet med græsning samt tilstedeværelsen af negative og fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen. Andre indikatorer, som eksempelvis dækningen af middelhøje græsser og urter, er langt fra den optimale tilstand for naturtypen, men tillægges en lille betydning i beregningerne af strukturindekset.

For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de tre kortlægningsperioder, hvilket også kommer til udtryk i en manglende trend i strukturindekset (se Tabel 5130.102). Der ses et fald i scoren for middelhøje og høje græsser og urter og dækningen af vedplanter, men også en stigning i udbredelsen af græsning. Der ses også en stigning i scoren for de positive naturtypekarakteristiske strukturer (med 10 % betydning i strukturindekset) fra første til anden kortlægning og et markant fald fra anden til tredje kortlægning. Ændringerne fra første til anden kortlægning hænger sammen med, at der ikke var udpeget eksempler på naturtypekarakteristiske strukturer for enebærkrattene i den første kortlægning. Ændringerne fra den anden til den tredje kortlægning hænger sammen med, at listen over strukturerne er ændret, så den er specifik for enebærkrat stedet for generel for tørre heder og krat. Da det kortlagte areal med enebærkrat varierer gennem kortlægningsperioden (se Tabel 5130.101), kan ændringerne i scorerne ikke umiddelbart tages som udtryk for det fulde omfang af forandringerne i naturtypens strukturelle tilstand.

Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 5130.103. Naturlige forstyrrelser, i form af græsning, formår kun i meget lille grad at skabe og fastholde åbninger i vegetation. Således har ganske få arealer med enebærkrat en dækning af bar jord på mere end 5 %. På blot enkelte arealer er dækningen af laver over 5 %, mens mosserne er noget mere udbredte. Vedplanter dominerer vegetationsdækket og dværgbuske er spredt forekommende, mens dækningen af græs- og urtevegetationen er noget lavere. Invasive plantearter er ret spredt forekommende (se også Tabel 5130.104). Der er græsning på omtrent to femtedele af arealet med enebærkrat og blot enkelte af de kortlagte arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der er stort set ikke registreret arealer med tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring eller randpåvirkninger fra tilstødende marker. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning er vanskelig at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.