For naturtyper, hvor datagrundlaget er tilstrækkeligt stort, er der foretages en opdeling af data i fire regioner: Nordjylland, Vestjylland, Østjylland og Fyn, samt Sjælland og øer.
Den nordjyske region er sammenfaldende med NST-enheden Himmerland og opdelingen mellem den vest- og østjyske region er sammenfaldende med grænsen mellem de to biogeografiske regioner. Fyn hører til den østjyske region og Bornholm hører sammen med den sjællandske region.
I opdelingen er tilstræbt en nogenlunde lige fordeling af stationer i det nye stationsnet og af det § 3-beskyttede naturareal.