Enebærklit har en høj dækning af enebær, en lav dækning af bredbladede urter, men også en varieret forekomst af arter fra de øvrige klittyper. Der er en lav tilgængelighed af næringsstoffer, og overvågningsdata peger på, at langt hovedparten af enebærklitterne i Danmark findes på relativt sur bund. Det er tilsyneladende mest de sure og udvaskede klitter, der er groet til med enebær i Danmark. Enebærklit varierer betydeligt i tilgroningsgrad fra helt åbne forekomster med spredt enebær til mere tætte krat, og der er relativt høj frekvens af invasive arter i enebærklit med bjerg-fyr som den mest udbredte art.

Der er tegn på en forværring af tilstanden i enebærklit i perioden 2004-2015. Overvågningsdata viser således et signifikant fald i antal arter, der er meget følsomme overfor næringspåvirkning og tilgroning samt en stigning i de næringselskende arters andel af vegetationen, hvilket er tegn på en negativ udvikling af tilstanden i enebærklit. Der er endvidere et signifikant fald i dækningen af dværgbuske. Endelig er der en stigning i vegetationshøjden og dækningen af høje vedplanter, hvilket både kan være tegn på naturlig succession og mangel på naturlig dynamik.

Der er nogen forskel på tilstanden af klithederne i de fire regioner, der er udlagt overvågningsstationer i.  I Nordjylland er der registreret en forholdsvis høj dækning af enebær og vedplanterne er overvejende lave (under 1 meter). I den østjyske region er der registreret relativt få arter og arter, der er følsomme eller meget følsomme overfor næringspåvirkning og tilgroning, samt en høj dækning af bølget bunke. Endelig er invasive arter og især bjerg-fyr væsentlig mere udbredt her end i de øvrige tre regioner. Dækningen af græsser, herunder bølget bunke, samt udbredelsen af græsning er højere på Sjælland og øerne, og der er en lavere dækning af enebær. I de få overvågningsstationer i Vestjylland er der en væsentlig større dækning af dværgbuske og laver end i de øvrige tre regioner, og de næringselskende arter udgør en noget mindre andel af vegetationen. Der er endvidere en lavere vegetation og lavere dækning af vedplanter.

Overvågningsdata viser, at der ikke er væsentlige forskelle i tilstanden inden for - og uden for habitatområderne. Der er dog en signifikant lavere forekomst af invasive arter, herunder bjerg-fyr, inden for habitatområderne end uden for.