Overvågningsdata viser, at stilkegekrat er præget af arter knyttet til næringsfattig og sur jordbund. Naturtypen er relativt rig på plantearter, herunder diversiteten af vedplanter, hvilket formodentlig hænger sammen med, at den forstlige drift prioriterer eg, som tillader mere lys i skovbunden end bøg. Skovene er dog relativt mørke med begrænsede muligheder for lyskrævende planter. Stilkegekrattene er præget af forstlig drift med en begrænset vedplantediversitet, få store træer, få levende træer med hulheder og råd og en lav mængde dødt ved.

Der er tegn på en forværring af tilstanden i stilkegekrat i perioden 2007-2016. Således viser overvågningsdata en stigning i antal invasive arter. Der er endvidere et fald i mængden af dødt ved, og der er tegn på, at skovene er blevet mørkere, idet kronedækningen og dækningen af lave vedplanter er steget i perioden. Alle disse trends må betragtes som tegn på en forværring af tilstanden.

De overvågede skove findes i alle fire regioner, men med hovedvægten i de tre vestligste regioner. I den sjællandske region er der færre end 10 prøvefelter, hvorfor der ikke er lavet beregninger for denne del af landet. Overvågningsdata viser, at der er nogen forskel på tilstanden af stilkegekrat mellem de fire regioner. I den vestjyske region, hvor der er flest overvågningsstationer for naturtypen, er der registreret flest arter, men også flere invasive arter i 5 m cirklerne, ligesom diversiteten af buske og insektbestøvede vedplanter er noget lavere her end i de øvrige regioner. Her er endvidere en større dækning af dværgbuske, en mindre andel af næringselskende arter i vegetationen, en surere jordbund, et markant højere C/N-forhold og en lavere basemætning. Endelig rummer de vestjyske stilkegekrat flere træer og buske med en diameter over 10 cm, færre store træer og mindre dødt ved, men også flere levende træer med mikrohabitater i form af hulheder og rådne partier, ligesom vegetationen er tilpasset en større tilgængelighed af lys. De nordjyske stilkegekrat rummer færre invasive arter, men også færre arter af vedplanter og skovindikatorarter. Skovene har også en mindre sur jordbund og en højere basemætning samt væsentligt flere store træer.

Overvågningsdata viser, at tilstanden er bedre inden for end uden for habitatområderne. Overvågningsdata viser, at der er signifikant flere arter, færre invasive arter og flere skovindikatorarter inden for habitatområderne end uden for. Der er også en lavere dækning af dværgbuske, signifikant færre træer og buske med en diameter over 10 cm og færre levende træer med mikrohabitater i form af rådne partier inden for habitatområderne. Der er ikke signifikant forskel på de øvrige indikatorer for stilkegekrat.