Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand på enårig strandengsvegetation en høj dækning af bar jord og lave græsser og urter samt en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 2-4 i Fredshavn og Nygaard 2014). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. Tegn på kystsikring og græsning, bar jord og invasive plantearter samt positive naturtypekarakteristiske strukturer tillægges en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (Tabel 1310.105).
Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de to kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 1310.105. Det er primært dækningen af bar jord og andelen af arealet med græsning, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen. Andre indikatorer, som eksempelvis urtevegetationens højdefordeling (lave, middelhøje og høje græsser og urter), er langt fra den optimale tilstand for naturtypen, men tillægges en lille betydning i beregningerne af strukturindekset.
Den gennemsnitlige score har ændret sig fra anden til tredje kortlægningsperiode for en række indikatorer. Således ses en stigning i scoren for lav og middelhøj vegetation samt i udbredelsen af græsning, hvilket kunne tyde på, at en større andel af arealet har fået et mere naturligt forstyrrelsesregime. Der er indgået en række nye plejeaftaler siden 2014 som en del af naturplanindsatsen, hvilket kan forklare en stigende udbredelse af græsning. Der ses også et fald i scoren for de negative naturtypekarakteristiske strukturer, men de regnes ikke med i strukturindekset. Samlet har det ført til en markant stigning i naturtypens strukturelle tilstand (se Tabel 1310.102). Da det kortlagte areal med naturtypen stiger markant gennem perioden (se Tabel 1210.101), kan ændringerne i scorerne ikke umiddelbart tages som udtryk for det fulde omfang af forandringerne i naturtypens strukturelle tilstand.
Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 1310.103. Det ses, at græssede strandenge med en relativt åben og lavtvoksende græs- og urtevegetation udgør knap tre fjerdedele af de kortlagte areal med naturtypen. Naturlige forstyrrelser, i form af græsning og erosion fra havet, har skabt åbninger i vegetation i form af loer, saltpander og optrådt jordbund, på en relativt stor andel af arealet. Således har 45 % af arealet en dækning af bar jord på mere end 30 %. Vedplanter er fraværende i vegetationen, da en stor andel af arealet er stærkt påvirket af naturlige forstyrrelser i form af græsning, erosion og oversvømmelser og da få danske arter af vedplanter er tilpasset de stærkt salte levesteder. Invasive plantearter er fraværende. Ingen af de kortlagte arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der er ikke registreret tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring samt randpåvirkninger fra tilstødende marker på forekomsterne, ligesom der kun er tegn på kystsikring eller afvanding på en ganske lille andel af arealet. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning, betydningen af begrænsninger i den naturlige kystdynamik og effekterne af afvanding og vandindvinding på de hydrologiske forhold er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.
Som en del af strukturtilstanden er registreret en række positive og negative naturtypekarakteristiske strukturer, der er specifikke for den enkelte naturtype (link). Stor udbredelse af positive strukturer indikerer, at forekomsterne med enårig strandengsvegetation har lang græsningskontinuitet, frie dynamiske processer (i form af oversvømmelser og erosion) og er relativt upåvirkede af kulturindgreb i form af omlægning, afvanding og næringspåvirkning. Stor udbredelse af negative strukturer indikerer, at naturtypen er stærkt kulturpåvirket og at de dynamiske processer er begrænsede, eksempelvis i form af kystsikring.
Der er registreret en markant større udbredelse af positive end negative naturtypekarakteristiske strukturer på enårig strandengsvegetation (Figur 1310.104). En høj dækning af enårige arter (kveller, arter af firling m.fl.), tegn på nylige oversvømmelser og forekomsten af loer, saltpander eller strandvolde er eksempler på udbredte positive strukturer, mens høj dækning af græsser og en tæt lukket vegetation er de mest udbredte eksempler på negative strukturer.
