Habitatdirektivet fra 1992 forpligter EU's medlemslande til at bevare udvalgte naturtyper og arter, der er karakteristiske, sjældne eller truede i EU. Habitatdirektivet omfatter mere end 200 naturtyper og 700 arter af planter og dyr, heraf findes 59 naturtyper og mere end 100 arter i Danmark.
EU’s naturbeskyttelsesdirektiver, fuglebeskyttelsesdirektivet og habitatdirektivet, pålægger EU's medlemslande at bevare en række arter og naturtyper, som er sjældne, truede eller karakteristiske for EU-landene. Det skal ske ved at udpege særlige områder, der skal fungere som sikre levesteder for de arter og naturtyper, der er omfattet af habitatdirektivets bilagslister. Listen over arter og naturtyper for hvert habitatområde er det, man kalder områdets udpegningsgrundlag.
I november 2018 blev foretaget en omfattende opdatering af Natura 2000-områdernes afgrænsning. Danmark har dermed udpeget 269 habitatområder og 257 Natura 2000-områder. På landjorden dækker habitatområderne ca. 3.150 km², svarende til 7,4 % af landarealet.
Hvert habitatområde er udpeget for at beskytte og genoprette en gunstig bevaringsstatus for bestemte naturtyper og arter af dyr og planter og der er udarbejdet en Natura 2000-plan for hvert område.
I perioden 2004 til november 2018 havde Danmark udpeget 261 habitatområder, med en samlet dækning på ca. 3.150 km², svarende til 7,4 % af landarealet.
Oversigt over de 257 Natura 2000-områder og 269 habitatområder i Danmark efter grænsejusteringerne i november 2018. Kortet kan ses her.
