Overvågningen af trækfugle under NOVANA-programmet omfattede i 2012-2017 en række tællinger fordelt over hele året (Tabel 3a og 3b). Tællingerne har enten været landsdækkende eller er blevet gennemført på udvalgte lokaliteter, især fuglebeskyttelsesområder. Optællingerne er foretaget på tidspunkter, hvor det forventes at årsmaksimum af de optalte arter normalt forekommer.
Da erfaringer fra de tidligere år og litteraturstudier indikerede, at nogle arter med fordel kunne tælles på andre tidspunkter, fx hjejle i april og oktober fremfor i maj, blev NOVANA programmet for trækfugleovervågningen omlagt i 2017. Endvidere udvidedes programmet med overvågning af en række arter, der var blevet optaget på enkelte eller flere fuglebeskyttelsesområders udpegningsgrundlag ved revisionerne af disse i 2005 og 2012. I forbindelse med disse omstruktureringer af programmet ændredes kadence for alle tællinger, bortset fra midvinter- og fældefugletællingerne, til udførelse hvert andet år.
Der har i perioden været et fuldstændigt sammenfald mellem NOVANA-optællingerne af vandfugle og de internationale optællinger, som koordineres af Wetlands International, og som er blevet gennemført i Europa og andre dele af Verden (Tabel 3a og 3b), således at fugle talt ved danske tællinger kan indgå i vurderingen af de internationale flyway-bestande.