Delprogrammet i NOVANA for overvågning af fugle indeholdt i 2018-2023 følgende elementer:

• Overvågning af fugle iht. EU-Fuglebeskyttelsesdirektivet omfattende ynglefugle på bilag I og regelmæssigt tilbagevendende trækfugle (Tabel 1).
• Årlige optællinger af bestanden af ynglende skarver.
• Et særligt program for overvågning af fugle i Vadehavet,  der udover de nationale planlægningsbehov også bidrager til indsamling af data i det trilaterale Vadehavssamarbejde (TMAP).
• Et særligt program for de Vestjyske fjorde for yngle- såvel som trækfugle.
• Et særligt program for Tøndermarsken og Vejlerne med hovedvægten på ynglefugle.

Formålet med overvågningen af fugle har i lighed med overvågningen af de øvrige arter været at tilvejebringe viden til vurdering af arternes bestandsudvikling og status. Fuglene og fuglebeskyttelsesområderne er sammen med de øvrige arter og habitatområderne sikret igennem fælles EU-lovgivning i medfør af henholdsvis Fuglebeskyttelsesdirektivet og Habitatdirektivet.

De danske fuglebeskyttelsesområder indgår i Natura 2000-områderne, hvorfor de i miljømålsloven indgår på samme måde som habitatområderne, dvs. med krav om Natura 2000-planlægning, tilstandsvurdering og målfastsættelse.

Overvågning af fugleforekomster sker gennem overvågning af antal. Ynglefuglene optælles i de fuglebeskyttelsesområder, hvor de er på udpegningsgrundlaget og for nogle arter gennem landsdækkende tællinger.  De regelmæssigt tilbagevendende trækfugle er overvåget ved bestandsstørrelse, enten gennem landsdækkende tællinger eller optælling på et udvalg af lokaliteter. Udover arterne listet i tabel 1, så overvåges en række yderligere trækfuglearter grundet afrapporteringsforpligtigelser til Artikel 12.  

Med beslutningen om at implementere det Nationale program for Overvågning af VAndmiljø og NAtur (NOVANA) blev der fra 2004 indledt en overvågning af fugle, som indgår i fuglebeskyttelsesområdernes udpegningsgrundlag. Overvågningen har i 2004-2006 været gennemført i et samarbejde mellem stat og amter. Fra 2007 er overvågningen udført i et samarbejde mellem Miljøministeriet og Aarhus Universitet. Fra slutningen af august 2024 er opgaven overgået fra Miljøministeriet til Ministeriet for Grøn Trepart. 

EU-Fuglebeskyttelsesdirektivet forpligter EU's medlemslande til at udpege områder til beskyttelse af fuglearter på direktivets bilag I og regelmæssigt tilbagevendende trækfugle. De 124 udpegede fuglebeskyttelsesområder udgør sammen med områder udpeget ifølge Habitatdirektivet det europæiske ”Natura 2000-netværk”. I Danmark er 28 områder desuden udpeget efter Ramsarkonventionen. Disse er indeholdt i de udpegede fuglebeskyttelsesområder.

I strategien for overvågning i NOVANA er fastslået, at overvågningen skal modsvares af konkrete målsætninger. Der skal på den ene side ikke være målsætninger uden, at opfyldelsen overvåges, mens der på den anden side ikke skal være overvågning, hvor der ikke findes konkrete målsætninger.

Overvågningen har derfor bl.a. sigtet mod at tilvejebringe ensartede, kvalitetssikrede og landsdækkende data til at vurdere bestandsudvikling og status for fugle og opfyldelsen af de opstillede målsætninger og derigennem dokumentere effekten af evt. forvaltningstiltag til forbedring af bevaringstilstande.