Delprogrammet i NOVANA for overvågning af fugle indeholdt i 2012-2017 følgende elementer:

• Overvågning af fugle iht. EF-Fuglebeskyttelsesdirektivet omfattende ynglefugle på bilag I og regelmæssigt tilbagevendende trækfugle (Tabel 1).
• Årlige optællinger af bestanden af ynglende skarver.
• Et særligt program for overvågning af fugle i Vadehavet,  der udover de nationale planlægningsbehov også bidrager til indsamling af data i det trilaterale Vadehavssamarbejde (TMAP).
• Et særligt program for Tøndermarsken, vestjyske Fjorde og Vejlerne med hovedvægten på ynglefugle.

Formålet med overvågningen af fugle har i lighed med overvågningen af de øvrige arter været at tilvejebringe viden til vurdering af arternes bestandsudvikling og status. Fuglene og fuglebeskyttelsesområderne er sammen med de øvrige arter og habitatområderne sikret igennem en fælles lovgivning i medfør af Fuglebeskyttelses- og Habitatdirektivet.

De danske fuglebeskyttelsesområder indgår i Natura 2000-områderne, hvorfor de i miljømålsloven indgår på samme måde som habitatområderne, dvs. med krav om Natura 2000-planlægning, tilstandsvurdering og målfastsættelse.

Overvågning af fugleforekomster sker gennem overvågning af antal eller udbredelse. Typisk bliver sjældne ynglefugle overvåget gennem bestandsstørrelse og mere almindelige ynglefugle gennem udbredelse. De regelmæssigt tilbagevendende trækfugle er overvåget ved bestandsstørrelse, enten gennem landsdækkende tællinger eller optælling på et udvalg af lokaliteter.

Med beslutningen om at implementere det Nationale program for Overvågning af VAndmiljø og NAtur (NOVANA) blev der fra 2004 indledt en overvågning af fugle, som indgår i fuglebeskyttelsesområdernes udpegningsgrundlag. Overvågningen har i 2004-2006 været gennemført i et samarbejde mellem stat og amter. Fra 2007 er overvågningen udført i et samarbejde mellem Miljø- og Fødevareministeriet og Aarhus Universitet.

EF-Fuglebeskyttelsesdirektivet forpligter EU's medlemslande til at udpege områder til beskyttelse af ynglefuglearter på direktivets bilag I og regelmæssigt tilbagevendende trækfugle. De 124 udpegede fuglebeskyttelsesområder udgør sammen med områder udpeget ifølge Habitatdirektivet det europæiske ”Natura 2000-netværk”. I Danmark er 28 områder udpeget efter Ramsarkonventionen indeholdt i de udpegede fuglebeskyttelsesområder.

I strategien for overvågning i NOVANA er fastslået, at overvågningen skal modsvares af konkrete målsætninger. Der skal på den ene side ikke være målsætninger, uden at opfyldelsen overvåges, mens der på den anden side ikke skal være overvågning, hvor der ikke findes konkrete målsætninger.

Overvågningen har derfor bl.a. sigtet mod at tilvejebringe ensartede, kvalitetssikrede og landsdækkende data til at vurdere bestandsudvikling og status for fugle og opfyldelsen af de opstillede målsætninger og derigennem dokumentere effekten af evt. forvaltningstiltag til forbedring af bevaringstilstande.