Overvågningen af trækfugle under NOVANA-programmet omfattede i 2018-2023 en række tællinger fordelt over hele året (Tabel 1, Tabel 2). Tællingerne har enten været landsdækkende eller er blevet gennemført på udvalgte lokaliteter, især fuglebeskyttelsesområder. Optællingerne er foretaget på tidspunkter, hvor det forventes, at årsmaksimum af de optalte arter normalt forekommer. 

Da erfaringer fra de tidligere år og litteraturstudier indikerede, at nogle arter med fordel kunne tælles på andre tidspunkter, fx hjejle i april og oktober fremfor i maj, blev NOVANA programmet for trækfugleovervågningen omlagt i 2017 og igen i 2021. Endvidere er programmet løbende blevet udvidet med overvågning af en række arter, der dels var blevet optaget på enkelte eller flere fuglebeskyttelsesområders udpegningsgrundlag ved revisionerne af disse i 2005, 2012 og 2022, dels var blevet optaget på udpegningsgrundlag i forbindelse med sammenlægninger, udvidelser og oprettelse af flere nye offshore fuglebeskyttelsesområder i 2022 og 2023.

I forbindelse med disse omstruktureringer af programmet ændredes kadence for alle tællinger, bortset fra midvinter- og fældefugletællingerne, til udførelse hvert andet år. I 2021 blev det besluttet at lave en årlig landsdækkende optælling af alle vandfuglearter i første halvdel af oktober (Tabel 2), da ganske mange arter af vandfugle har topforekomst i denne måned. I samme forbindelse udgik vandfugletællingen i september af programmet.     

Der har i perioden været et fuldstændigt sammenfald mellem NOVANA-optællingerne af vandfugle og de internationale optællinger, som koordineres af Wetlands International, og som er blevet gennemført i Europa og andre dele af Verden (Tabel 1, Tabel 2) således, at fugle talt ved danske tællinger kan indgå i vurderingen af de internationale flyway-bestande.