Intensiv overvågning er i NOVANA defineret som overvågning af bestandsstørrelse. Metoderne varierer alt efter, hvilke arter der er tale om. Den intensive overvågning af fugle er delt op i Intensiv 1 og Intensiv 2. Ynglende skarv overvåges i et selvstændigt program.

Den intensive overvågning efter Intensiv 1 omfatter arter, som forekommer i eller vender tilbage til kendte lokaliteter, oftest inden for fuglebeskyttelsesområder, og det er således ret forudsigeligt, hvor disse arter vil forekomme (Tabel 1). Ved arter, som overvåges efter Intensiv 1, besøger Miljøstyrelsen kendte og potentielle ynglelokaliteter, som angivet i den tekniske anvisning for arten (find den via linket her).

Intensiv 2 omfatter meget sjældne arter, uregelmæssigt ynglende arter og arter, hvis forekomst ikke kan forudsiges (Tabel 2). Ved Intensiv 2 baserer Miljøstyrelsen sin overvågning på indtastninger af observationer i Dansk Ornitologisk Forenings database (DOFbasen). Disse data udtrækkes tre gange om året af foreningen og fremsendes til de enkelte enheder i Miljøstyrelsen. Data, der anvendes fra Intensiv 2-overvågningen, kvalitetssikres af Miljøstyrelsen inden de anvendes.

Den intensive overvågning blev gennemføret alt efter art enten hvert, hvert andet, hvert tredje eller hvert sjette år (Tabel 1; Tabel 2).

Ekstensiv overvågning er i NOVANA defineret som overvågning af udbredelse. Ekstensiv overvågning omfatter 10 arter af ynglefugle, der ikke er specielt tilknyttet Natura 2000-områderne. Disse er blevet overvåget gennem indrapporterede data i DOFbasen, efter at Miljøministeriet i 2006 indgik en samarbejdsaftale med Dansk Ornitologisk Forening. For de ekstensive arter udarbejdes der landsdækkende udbredelseskort. Der udføres ikke systematisk feltarbejde, idet overvågningen alene bygger på observationer, der indtastes i DOFbasen af frivillige. Data, der anvendes til den ekstensive overvågning, kvalitetssikres af DCE inden de anvendes.

Gruppen af ekstensivt overvågede arter omfatter: Hvepsevåge, rørhøg, engsnarre, stor hornugle, natravn, isfugl, sortspætte, hedelærke, blåhals og rødrygget tornskade. Ingen af disse blev overvåget i 2016.

I 2016 har DCE (Nationalt Center for Miljø og Energi) ved Aarhus Universitet som i tidligere år organiseret optællingerne af reder i de danske skarvkolonier. Metoden til denne optælling kan læses i rapporten "Danmarks ynglebestand af skarver i 2016".