Trækfugleovervågningen benytter optællinger af vandfugle fra henholdsvis land og fly.
Ved de store landsdækkende midvinter- og fældefugletællinger er der altid tale om en kombination af de to metoder, fordi store dele af Danmarks kystområder kun kan tælles fra fly.
Ved andre optællinger benyttes i nogle situationer kun den ene metode, fx april-tællingen af hjejle og lysbuget knortegås, to arter som forekommer så kystnært at alle områder kan tælles fra land. I modsætning til denne udføres maj-tællingen af mørkbuget knortegås som en kombination, hvor fx det Sydfynske Øhav kun kan tælles effektivt fra fly, men andre faste rastpladser ved fx Ringkøbing Fjord, Stavns Fjord og på Endelave kan tælles fra land.
Landtællinger
Søer og afgrænsede kystnære områder, der kan overskues fra land, tælles af et netværk af frivillige og professionelle ornitologer fra udvalgte observationsposter med teleskop. Data indrapporteres via DCE's online portal fugledata.dk - mhp. indledende dataanalyse og kvalitetssikring før overførsel til Naturdatabasen. Optællingsmetoden er beskrevet i den tekniske anvisning om Optælling af trækfugle fra land i perioden 2017-2021 (Holm m.fl. 2017).
Flytællinger
Store dele af de indre danske farvande kan ikke optælles fra land, hvorfor disse områder primært optælles fra flyvemaskine. Optællingerne består dels af totaltællinger, hvor samtlige fugle i et område tælles, og dels af linjetransekttællinger, hvor fuglene optælles ud til en given afstand i tre-fire transektbånd langs prædefinerede transektlinjer.
Ved optællingerne er to flytyper anvendt. En en-motors Cessna 172 og to-motors Partenavia P-68. Cessnaen er primært benyttet til kystnære totaloptællinger, hvorimod Partenaviaen er benyttet til linjetransekttællinger og totaloptællinger ved øer og rev. Observationer indtales direkte på en diktafon og korreleres efterfølgende med en GPS, således at observationernes geografiske placering kan bestemmes. Se Petersen m.fl. (2006, 2010) samt den i den tekniske anvisning om Overvågning af vandfugle optalt fra fly (Petersen m.fl. 2017) for en nærmere beskrivelse af metoden.