Artsovervågningen i NOVANA har i perioden 2004-2016 omfattet i alt 64 arter af dyr og planter på Habitatdirektivets Bilag II og IV samt 37 ansvarsarter på den danske gulliste (Stoltze & Pihl 1998) (se Arter Tabel 1).
Artsovervågningen omfatter disse artsgrupper:
Søgaard, B., Wind, P., Sveegaard, S., Galatius, A., Teilmann, J., Mikkelsen, P., Bladt, J. & Therkildsen, O.R. (2018): Arter 2016. NOVANA. Aarhus Universitet, Institut for Bioscience, DCE – Nationalt Center for Miljø og Energi. Videnskabelig rapport fra DCE - Nationalt Center for Miljø og Energi nr. 261. www.novana.au.dk. Gengivelse tilladt med tydelig kildeangivelse.
Artsovervågningen i NOVANA har i 2016 været reduceret og er at betragte som et overgangsår mellem NOVANAs anden (2011-2015) og tredje programperiode (2017-2021). Overvågningen i 2016 omfattede i alt 10 arter fordelt på tre arter af marine pattedyr, fire arter af karplanter og tre arter af lampretter (Tabel 2).
Tabel 2. Arter på Habitatdirektivets Bilag II og IV, der er overvåget i 2016 og/eller afrapporteret i 2016, fordelt på geografiske overvågningsområder i den atlantiske og kontinentale biogeografiske region i Danmark. De tre arter af lampretter er afrapporteret i "Vandløb 2016. NOVANA".
Enkelt månerude er i NOVANA-perioden blevet registreret på to lokaliteter i Vestsjælland. Den blev fundet i 2015 på et nyt voksested på den østlige side af Saltbæk Vig efter 10 år uden observationer af arten trods årlig overvågning af det gammelkendte voksested på vestsiden af vigen. I 2016 blev den genfundet på det gammelkendte voksested. Genfundene af arten viser, at den trods 10 år uden observationer ikke er forsvundet fra den danske flora, og at den kan overleve i flere år underjordisk.
Fruesko er i NOVANA-perioden blevet registreret på de to gammelkendte lokaliteter i Himmerland. Målt på antallet af blomstrende og vegetative skud er fremgangen i Skindbjerg bestanden fortsat og har oversteget 2.000 skud både i 2014 og i 2016. Omvendt er antallet af skud i Buderupholm bestanden stagneret antagelig som følge af opgravning og fjernelse af tre kloner i 2012 og plukning af en stor mængde skud i 2016.
Mygblomst er i NOVANA-perioden blevet registreret på 22 lokaliteter i Jylland, på Fyn og Sjælland. Opdagelsen af bestande på to nye lokaliteter og flere satellitbestande i 2012 betyder, at det samlede antal lokaliteter med mygblomst i 2016 er 22. Antallet af mygblomst-individer er igen faldet efter flere års stigning, men da antallet svinger meget fra år til år på de enkelte lokaliteter, er det ikke muligt at fastlægge af en entydig retning af bestandsudviklingen.
Gul stenbræk er i NOVANA-perioden blevet registreret på 10 lokaliteter alle i Jylland. Det samlede antal blomstrende skud af gul stenbræk er i 2016 næsten på højde med antallet i 2015 og det næsthøjeste i NOVANA-perioden 2011-2016. Forøgelsen i antallet af blomstrende skud i perioden 2011-2016 skyldes især opdagelsen af bestande, der ikke tidligere har været registreret, nemlig Resen Bæk i 2012, Binderup Ådal i 2013 og senest Rødding i 2015.
I Danmark overvåges spættet sæl, gråsæl og marsvin under NOVANA-programmet. Spættet sæl er den mest almindelige sælart i Danmark og har haft en bestandsfremgang fra ca. 2.000 dyr i 1976 til ca. 16.000 dyr i 2016. Gråsælen har vist fremgang i de seneste 10 år, og i 2016 blev der registreret op til 127 individer i Kattegat, 173 i Vadehavet og 589 i den danske del af Østersøen. Det forventes, at den generelle stigning i antallet fortsætter i alle områder i de kommende år. Op til ti gråsæler fødes nu hvert år i Danmark (første fødsel i 2003) efter ca. hundrede års pause. De danske farvande benyttes af tre populationer af marsvin. Marsvinene i Østersøen er en lille truet bestand og en ny optælling estimerer ca. 500 individer, hvilket bekræfter, at bestanden er kritisk truet. Opgørelser af populationen af marsvin med skib og fly for Bælthavspopulationen (Skagerrak, Kattegat, Bælthavet, Øresund og den vestlige Østersø) i 1994, 2005, 2012 og 2016 og Nordsø-populationen i 1994, 2005 og 2016 indikerer, at begge bestande er relativt stabile.