Den tredje kortlægning inden for den nye afgrænsning af habitatområderne (2016-2019) viser, at 74 % af arealet med klithede og 58 % af forekomsterne med naturtypen har høj eller god naturtilstand (se Figur 2140.102). Ingen arealer har dårlig naturtilstand og blot 1 % af arealet og 4 % af forekomsterne har ringe naturtilstand og er dermed afhængige af en større indsats for at opnå en gunstig tilstand. Den gennemsnitlige indeksværdi for naturtilstand er på 0,60 for de 1.547 forekomster med klithede (Tabel 2140.102). Justeringerne af Natura 2000-områdernes grænser har ikke medført ændringer i den gennemsnitlige tilstand (Figur 2140.102 og Tabel 2140.102). Figur 2140.101 viser andelen af klithederne i høj eller god naturtilstand i de 44 habitatområder, hvor naturtypen er kortlagt inden for de nye afgrænsninger. Det ses, at der er stor forskel på tilstanden i de forskellige habitatområder, men ingen tydelige geografiske mønstre i fordelingen.

Naturtilstanden er en sammenvejning af naturtypens struktur- og artstilstand, og det ses der ikke er væsentlige forskelle på struktur- og artstilstanden i klithederne. Således er de gennemsnitlige indeksværdier på hhv. 0,62 og 0,63 (Tabel 2140.102), ligesom der ikke er forskel på arealandelen i de to bedste arts- og strukturtilstandsklasser (74 %). Det gennemsnitlige naturtilstandsindeks (Tabel 2140.102) falder gennem de tre kortlægninger og der et tilsvarende fald i andelen af arealet i høj eller god naturtilstand (Figur 2140.102). Disse ændringer dækker over et fald i strukturindekset og i andelen af arealet i den bedste strukturtilstandsklasse gennem hele perioden (se også afsnit om strukturindikatorerne), mens det gennemsnitlige artsindeks og arealandelen i de to bedste artstilstandsklasser er nogenlunde uændret. Da det kortlagte areal med klithede stiger gennem perioden, kan de gennemsnitlige ændringer ikke direkte tages som udtryk for omfanget af de forandringer i tilstanden, der er sket inden for habitatområderne.