Kontrolovervågningen har udgangspunkt i Habitatdirektivets forpligtelse til at rapportere bevaringsstatus for naturtyper og arter, den såkaldte Artikel 17-rapportering, og forpligtelsen til at rapportere tilstand og udvikling for en række fuglearter jf. Fuglebeskyttelsesdirektivets Artikel 12. Desuden bidrager overvågningen med data til andre internationale rapporteringer og en generel viden om naturens tilstand i Danmark. Kontrolovervågningen omfatter:
Foruden kontrolovervågningen består NOVANA overvågningen også af en operationel overvågning i form af en fladedækkende kortlægning i de udpegede habitatområder.
Kontrolovervågningen har foregået i tre programperioder siden 2004 som en del af NOVANA - det nationale program for overvågning af vandmiljøet og naturen. Den overordnede beskrivelse af NOVANA-programmets formål, strategi og indhold kan læses i programbeskrivelsen for hhv. den første programperiode (2004-2011), den anden programperiode (2011-2016) og den tredje programperiode (2017-2022). Overvågningen i den fjerde programperiode (2023-2027) startede i 2023 og data er endnu ikke afrapporteret.
I første programperiode blev de lysåbne naturtyper og skovtyperne overvåget årligt eller hvert 6. år. I anden og tredje programperiode er de som udgangspunkt overvåget hvert 6. år, dog er nogle stationer og naturtyper overvåget to gange i en programperiode. Stationerne for de 15 lysåbne habitatnaturtyper, som er overvåget første gang i 2011, er således overvåget en ekstra gang i tredje programperiode, for hurtigere at få opbygget et datagrundlag for vurdering af udviklingstendenser for disse typer. Arternes overvågningshyppighed varierer fra årligt til hvert 6. år.
Resultaterne af kontrolovervågningen af de terrestriske habitatnaturtyper er afrapporteret årligt siden NOVANA-programmets start i 2004. Tidligere års rapporteringer kan ses længere nede på denne side.