NOVANA’s naturtypeovervågning er designet til at kunne vurdere naturtypernes bevaringsstatus efter Habitatdirektivets artikel 17. Derfor er prioriteret et stort antal stationer og prøvefelter, som til gengæld overvåges med en relativt lav frekvens, og overvågningen er koncentreret på vegetationsbaserede indikatorer frem for omkostningstunge fysisk-kemiske økosystemmålinger. Formålet med denne prioritering har været at opnå en statistisk repræsentativ stikprøve af den biologiske tilstand og udvikling i et stort antal naturtyper i de to biogeografiske regioner i Danmark og både inden for og uden for de udpegede habitatområder. Denne prioritering betyder dog, at vi ikke kan udtale os med sikkerhed om den enkelte overvågningsstation, som kun er en del af det samlede billede.

Prioriteringen af en stor og repræsentativ stikprøve betyder også, at processer, påvirkninger og årsagssammenhænge er mindre godt belyst i data og dermed vanskelige at teste og kvantificere. Der bliver dog indsamlet en række indikatorer med henblik på at dokumentere de væsentligste forhold. Vegetationshøjde og vedplantedækning er således indikatorer for tilgroning som følge af manglende forstyrrelser (fx græsning, høslæt, erosion og brand), næringsstofmålinger i planter og jord er indikatorer for næringsbelastning (fx kvælstofdeposition, direkte gødskning og tilførsel med drænvand), skovstrukturmålinger af dødt ved og store, gamle træer er indikatorer for tynding og hugst, og ved beregning af gennemsnitlige Ellenberg-værdier kan plantelisterne bruges til at fortælle om jordfugtighed, lysforhold, næringsstoftilgængelighed og surhedsgrad. Derved kan overvågningsdata anvendes til at udpege de vigtigste problemer og ændringer i naturtyperne, men ikke nødvendigvis afgøre hvilken påvirkning som er årsag til tilstanden eller ændringen af tilstanden. Koblet med data om indsatser kan NOVANA data evaluere hvilke virkemidler som mest effektivt kan forbedre tilstanden.