Overvågningen af Habitatdirektivets naturtyper foregår ved indsamling af data for indikatorer, der er relateret til naturtypernes tilstand og udvikling. Prøvetagningsaktiviteterne foretages i prøvefelterne, der består af et 0,5 m x 0,5 m kvadrat, en cirkel med radius på 5 meter for alle naturtyper (Figur F1) og endnu en cirkel på 15 meter for skovtyperne (Tabel C1). Der er løbende foretaget justeringer i udvalget af indikatorer. Således er nogle indikatorer taget ud af programmet (fx vandstand og vandkemi).
Tabel C1. Oversigt over prøvetagningsaktiviteter i prøvefelt, 5 m-cirkel, 15 m-cirkel (for skovene) og på stationen for de terrestriske naturtyper. Ikke alle prøver tages hvert år eller på alle naturtyper. * registreret ved pinpoint-analyse for alle lysåbne habitatnaturtyper i perioden 2004-2016, men kun for 17 habitatnaturtyper i klitter, på heder og i sure moser i perioden 2017-2022 (Fredshavn m.fl. 2018). Aktiviteter, der kun foregik i en eller to programperioder er angivet ved 1) registreret i første programperiode (2004-2010), 2) registreret i anden programperiode (2011-2016) og 3) registreret i tredje programperiode (2017-2022).
