Den stikprøvebaserede overvågning af de terrestriske naturtyper foretages på overvågningsstationer, der er udpeget med henblik på overvågning af én eller flere habitatnaturtyper. Naturtyperne kan forekomme i mosaik på området, og der vil derfor kunne være flere habitatnaturtyper tilstede på hver station.

Første programperiode (2004-2010)

I første programperiode omfattede NOVANA-programmets kontrolovervågning 18 lysåbne og 10 skovdækkende naturtyper ud af de 43 terrestriske naturtyper, der forekommer i Danmark. For de 18 lysåbne naturtyper var overvågningen i første programperiode fordelt på 202 intensive stationer, der blev overvåget årligt, og 757 ekstensive stationer, som blev overvåget én gang i perioden. De 10 skovnaturtyper blev overvåget årligt i perioden 2007-10 på 122 stationer. I første periode omfattede en station typisk 20, 40 eller 60 tilfældigt udlagte prøvefelter, afhængigt af stationens areal og kompleksitet.

I første programperiode var overvågningsstationerne for de enkelte naturtyper afgrænset således, at naturtypen, som stationen er udpeget for, udgjorde mindst 50 % af overvågningsarealet. Arealer grænsende op til selve naturtypen indgik for at sikre en overvågning af såvel områder, der i dag tilhører naturtypen og har en god tilstand, og områder som i fremtiden potentielt vil kunne få en god tilstand.

Anden programperiode (2011-2016)

I anden programperiode omfattede NOVANA-programmets kontrolovervågning alle 43 terrestriske habitatnaturtyper. Stationsnettet blev udvidet og 1.676 nye stationer udlagt med henblik på at afspejle den geografiske spredning og variationen inden for de enkelte naturtyper og 30 af de gamle stationer udgik, da de var fejludpegede. Antallet af stationer er således udvidet til 2.444 lysåbne stationer og 284 skovstationer. Denne ændring blev underbygget af analyser af data fra første periodes stationsnet, der viste at detektionen i udviklingstendenserne afhang mere af den geografiske dækning i form af antallet af stationer end antallet af mange ens prøvefelter på hver station.

De nye stationer blev udlagt så de dækker den naturlige variation i de økologiske kår (især hydrologi, tilgængelighed af næringsstoffer, pH og saltpåvirkning), forekomsternes størrelse, randpåvirkning og driftshistorie, men også den variation som vil opstå som følge af en større beskyttelses- og forvaltningsindsats inden for habitatområderne end uden for. Fordelingen af overvågningsstationerne afspejler den enkelte naturtypes udbredelse i de to biogeografiske regioner, og der er tilstræbt en overordnet fordeling af stationerne, så halvdelen ligger inden for - og halvdelen ligger uden for habitatområderne.

I anden programperiode blev antallet af prøvefelter pr station reduceret, så der som udgangspunkt var 8-12 prøvefelter pr station. På enkelte stationer er der dog helt ned til 5 prøvefelter. Overvågningsfrekvensen er som udgangspunkt hvert 6. år for alle 43 terrestriske naturtyper.

Tredje programperiode (2017-2022)

I den tredje programperiode blev stationsnettet videreført uden tilpasninger (Tabel B1) og overvågningsfrekvensen var hvert 6. år for alle 43 terrestriske naturtyper.

På stationerne er udlagt et 10 m referencenet på de arealer, der skal indgå i stationen, og prøvefelterne er udlagt i tilfældige krydspunkter i nettet. For skovtyperne er prøvefelterne udlagt, så der er minimum 30 m imellem prøvepunkterne for at undgå overlap. Prøvefelterne danner udgangspunkt for al stedbestemt dataindsamling på lokaliteten.I første programperiode var udlagt 20-60 prøvefelter pr station og i forbindelse med stationsnettets udvidelse i 2011 blev antallet af prøvefelter pr station reduceret til 8-12.

Det er de samme prøvefelter, som analyseres ved hvert besøg. Prøvefelterne lokaliseres ved hjælp af en håndholdt GPS, og det accepteres dermed, at det ikke er eksakt samme areal, der overvåges.