Metoderne for prøveindsamling er beskrevet i de forskellige versioner af tekniske anvisninger gennem årene 2004-2022. Dataflow’et fra data registreres i felten, til data ligger i Naturdatabasen i kvalitetssikret stand, er beskrevet i en datateknisk anvisning.  

For de kemiske analyser kræves, at analyselaboratoriet er akkrediteret til at foretage de specificerede analyser. Der er løbende afholdt interkalibreringskurser om feltbotaniske registreringsmetoder samt kurser i plantebestemmelse omfattende, såvel højere planter som mosser og tørvemosser med henblik på at sikre kvaliteten af de botaniske data. Miljøstyrelsens decentrale enheder er ansvarlige for kvalitetssikringen af de indberettede data, og i forbindelse med fagdatacentrets efterfølgende analysearbejde, er der foretaget yderligere kontrol af data. I forbindelse med dette arbejde er der ud fra dataanalyser og ekspertvurderinger fastsat grænser for, hvilke værdier der kan accepteres for især de fysisk-kemiske målinger. Grænserne er individuelle for de forskellige naturtyper.