For hvert prøvefelt er naturtypen i felten bestemt ud fra fysio-geokemiske forhold og observerede plantearter. Hvis inventøren har været i tvivl - enten fordi vegetationen er en mosaik af flere naturtyper, eller en overgangsform mellem to typer – er valgt den habitatnaturtype, der er mest udbredt eller udpræget i 5 m cirklen. Er habitattyperne lige udpræget er valgt den type, stationen er udpeget for.

Til det enkelte prøvefelt med 5 m-cirkel er således knyttet dels den naturtype, som stationen er udpeget for (den primære naturtype), og dels den naturtype, som prøvefeltet er vurderet til at tilhøre (den sekundære naturtype). Der kan være flere forskellige sekundære naturtyper i prøvefelterne på en station, idet variation i jordbundstype, eksponering, successionsstadium og hydrologi kan give ophav til flere forskellige naturtyper, som forekommer i mosaik på stationen. Ofte vanskeliggøres bestemmelsen af naturtypen, at der er to eller flere naturtyper, eller at overgangen mellem naturtyper omfattet af habitatdirektivet og naturtyper, der ikke er omfattet af direktivet.

Til naturtypebestemmelsen anvendes naturtypenøglen og naturtypebeskrivelserne. Naturarealer, der på grund af forandring ikke længere kan henføres til habitatnaturtyper, angives som hovednaturtypen ved en firecifret kode, hvor de to sidste cifre er 00, f.eks. 6200. Arealer, der ikke er naturarealer, fx befæstede arealer angives som type 2.