En af grundpillerne i overvågningen af de terrestriske habitattyper er en entydig og konsistent naturtypebestemmelse. For hvert prøvefelt er naturtypen i felten bestemt ud fra fysio-geokemiske forhold og observerede plantearter. Til naturtypebestemmelsen anvendes naturtypenøglen og naturtypebeskrivelserne. Hvis inventøren har været i tvivl - enten fordi vegetationen er en mosaik af flere naturtyper, eller en overgangsform mellem to typer – er valgt den habitatnaturtype, der er mest udbredt eller udpræget i 5 m cirklen. Er habitattyperne lige udpræget er valgt den type, stationen er udpeget for.
Der kan være flere forskellige naturtyper i prøvefelterne på en station, idet variation i jordbundstype, eksponering, successionsstadium og hydrologi kan give ophav til flere forskellige naturtyper, som forekommer i mosaik på stationen. Det er særligt vanskeligt at adskille naturtyper som forekommer i de samme landskaber, og som har et væsentligt overlap i økologi og sammensætning af arter, fx grå/grøn klit (2130), klithede (2140) og enebærklit (2250) (se Figur G1). Da de fleste naturarealer rummer en vis variation mht. jordbundstype, eksponering, successionsstadium og hydrologi kan flere forskellige naturtyper forekomme i mere eller mindre intime mosaikker på overvågningsstationerne. Som følge af den usikkerhed der er i placeringen af prøvefeltet, er naturtypen der overvåges i et konkret prøvefelt, ikke den samme hvert år (dette tages der højde for i analyserne).
Naturarealer, der på grund af forandring ikke længere kan henføres til habitatnaturtyper, angives som hovednaturtypen ved en firecifret kode, hvor de to sidste cifre er 00, f.eks. 6200 for overdrevsarealer der ikke lever op til kriterierne for enten kalkoverdrev (6210) eller surt overdrev (6230) eller 9100 for tilgroede arealer, der ikke længere kan henføres til en lysåben habitatnaturtype. Arealer, der ikke er naturarealer, fx befæstede arealer angives som type 2.
I analyserne af habitatnaturtypernes tilstand og udvikling foretages en filtrering af prøvefelterne efter deres naturtypebestemmelser i felten.
