Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i enebærklit en høj dækning af vedplanter og en moderat dækning af dværgbuske og lave græsser og urter (se Tabel 9-12 i Fredshavn og Ejrnæs 2009). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. I enebærklit tillægges forekomsten af dværgbuske, kystsikring, græsning og eutrofiering samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (se Tabel 2250.105).

Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 2250.105. Det er primært dækningen af dværgbuske, andelen af arealet med græsning samt tilstedeværelsen af negative og fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen.

For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de tre kortlægningsperioder, eller også er der ingen entydig trend. Faldet i strukturindekset kan således ikke tilskrives enkelte indikatorer med en tydelig trend, men snarere kombinationen af indikatorer. Der er en lille stigning i scoren for vedplanter og i udbredelsen græsning, hvilket afspejler indgåelsen af en række nye plejeaftaler siden 2014 som en del af naturplanindsatsen. Der er også et fald i scoren for de negative naturtypekarakteristiske strukturer i perioden (med 15 % betydning i strukturindekset), hvilket delvist hænger sammen med, at listen over strukturerne er ændret, så den er specifik for enebærklit i stedet for generel for de tre vedplantedominerede lysåbne kystklittyper. Da det kortlagte areal med naturtypen stiger fra første til anden kortlægningsperiode (se Tabel 2250.101), kan ændringerne i scorerne ikke umiddelbart tages som udtryk for det fulde omfang af forandringerne i naturtypens strukturelle tilstand.

Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 2250.103. Naturlige forstyrrelser, i form af græsning og vindens omlejring af sandet, formår kun i lille grad at skabe og fastholde åbninger i vegetation i de kortlagte enebærklitter. Således har ingen af de kortlagte enebærklitter en dækning af bar jord på mere end 5 %. På hovedparten af arealet er dækningen af laver under 5 %, mens mosserne er noget mere udbredte. Enebærklit er et vedplantedomineret plantesamfund og dækningen af træer og buske er relativt høj og domineret af enebær (se Tabel 2250.103A), men alligevel tilstrækkelig åben til at give plads til dværgbuske samt lave og middelhøje græsser og urter. Invasive plantearter er spredt forekommende (se også Tabel 2250.104). Omtrent havdelen af arealet er græsset og ingen arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der er ikke registreret tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring samt randpåvirkninger fra tilstødende marker og ingen tegn på begrænsninger af den naturlige kystdynamik. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning og betydningen af begrænsninger i den naturlige kystdynamik er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.