Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i klithede en høj dækning af dværgbuske og en moderat dækning af lave græsser og urter samt en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 9-12 i Fredshavn og Ejrnæs 2009). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. I klithede tillægges forekomsten af vedplanter, invasive plantearter, græsning og eutrofiering samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (Tabel 2140.105).
Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 2140.105. Det er primært invasive plantearter, andelen af arealet med græsning samt tilstedeværelsen af negative og fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen.
For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de tre kortlægningsperioder, eller også er der ikke en entydig trend. Der er indgået en række nye plejeaftaler siden 2014 som en del af naturplanindsatsen, hvilket kan forklare en mindre stigning i udbredelsen af græsning og en tilsvarende stigning i scoren for lav og middelhøj vegetation. Der er også et fald i scoren for de naturtypekarakteristiske strukturer. Det faldende strukturindeks kan således ikke tilskrives enkelte indikatorer med en tydelig trend, men snarere kombinationen af indikatorer hvoraf flere fluktuerer gennem perioden. Da det kortlagte areal med naturtypen stiger gennem perioden (se Tabel 2140.101), kan ændringerne i scorerne ikke umiddelbart tages som udtryk for det fulde omfang af forandringerne i naturtypens strukturelle tilstand.
Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 2140.103. Naturlige forstyrrelser, i form af græsning og vindens omlejring af sandet, formår kun i lille grad at skabe og fastholde åbninger i vegetation på de kortlagte klitheder. Således har blot en sjettedel af arealet en dækning af bar jord på mere end 5 %. På halvdelen af arealet er dækningen af laver under 5 % og få arealer har en høj dækning. Mosserne er noget mere udbredte end laverne. Græs- og urtevegetationen er relativ tæt og lave græsser og urter har en høj dækning på godt en tredjedel af arealet, mens middelhøje græsser og urter (på 15 til 50 cm) er lidt mere udbredte. Vedplantedækningen er relativt lav som følge af de naturlige forstyrrelser fra havet og vinden, mens de invasive plantearter er ret udbredte (se også Tabel 2140.104). Mindre end en femtedel af arealet er græsset og meget få arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der sker kun undtagelsesvis afvanding af de fugtige dele af klithederne, ligesom der ikke er registreret tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring samt randpåvirkninger fra tilstødende marker. Der er kun registreret tegn begrænsninger af den naturlige kystdynamik på en meget lille andel af klithederne. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning, betydningen af begrænsninger i den naturlige kystdynamik og effekterne af afvanding og vandindvinding på de hydrologiske forhold er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.
Som en del af strukturtilstanden er registreret en række positive og negative naturtypekarakteristiske strukturer, der er specifikke for den enkelte naturtype (link). Stor udbredelse af positive strukturer indikerer, at klithederne har frie dynamiske processer (i form af græsning, brand, sandpålejring og erosion) og er relativt upåvirkede af kulturindgreb i form af eutrofiering, reduktion af kystdynamik eller tilgroning. Stor udbredelse af negative strukturer indikerer, at klithederne er stærkt kulturpåvirkede og at de dynamiske processer er begrænsede, eksempelvis i form af kystsikring.
Der er registreret en noget større udbredelse af positive end negative naturtypekarakteristiske strukturer på klithede (Figur 2140.104). Varieret dværgbusksammensætning, kuperet terræn med variationer i fugtighed og artsrig urtevegetation er de mest udbredte positive strukturer, mens dækning af blåtop og bølget bunke er den hyppigst registrerede negative struktur.
