Klitheden er domineret af dværgbuske, og vegetationen er lavtvoksende med spredt forekomst af træer og buske. Der er en relativt høj dækning af hedelyng og meget lav dækning af bredbladede urter. Vegetationen rummer relativt få arter, men en stor andel af disse er følsomme overfor næringspåvirkning og tilgroning. Overvågningsdata viser dog også, at der er en relativt høj dækning af bølget bunke, og selvom laverne stedvis udgør en væsentlig del af vegetationen, er de helt fraværende i ni ud af ti prøvefelter. Der er invasive karplanter i knap hvert tredje prøvefelt, hovedsageligt bjerg-fyr, arter af fyr, sitka-gran og rynket rose, mens stjerne-bredribbe forekommer i godt hvert tiende prøvefelt.

Knap tre fjerdedele af arealet er dækket af dværgbuske, og to tredjedele af arealet har en vegetationshøjde under 20 cm. Knap en femtedel af klithederne bliver græsset og det er uvist hvor stor en andel af arealet, der holdes i et tidligt successionsstadium som følge af brand eller vilde græssere, fx krondyr.

Klithederne er generelt ekstremt næringsfattige med en meget lavt pH. Selvom det målte kvælstofindhold i dværgbuske tyder på en vis påvirkning af kvælstof, så viser ratioen mellem kvælstof og fosfor at naturtypen er kvælstofbegrænset. Klithederne er kendetegnende ved at være moderat fugtige levesteder med en relativt stor variation i fugtigheden fra ekstremt tørre levesteder til våde og vandmættede forhold. Klokkelyng findes i en stor andel af prøvefelterne, men med en relativt begrænset gennemsnitlig dækning.

Klithede findes især i Nordjylland, i mindre omfang i Vestjylland, og er spredt forekommende i de øvrige to regioner. Der er nogen forskel på tilstanden af klithederne i de fire regioner, der er udlagt overvågningsstationer i. I Nordjylland er der registreret flere arter, der er meget følsomme overfor næringspåvirkning og tilgroning, og klithederne har her en højere dækning af klokkelyng og lave vedplanter end i de øvrige tre regioner. I Vestjylland har invasive arter en væsentlig større udbredelse end i resten af landet. I den østjyske region, der rummer de meget lavtvoksende og åbne klitheder på Anholt, er der registreret en meget høj dækning af laver, men også relativt få arter og arter, der er følsomme eller meget følsomme overfor næringspåvirkning og tilgroning, samt en høj dækning af bølget bunke. Endelig er rynket rose mere udbredt og bjerg-fyr mindre udbredt end i de øvrige tre regioner. Klokkelyng er stort set fraværende i de to østlige regioner, og dækningen af hedelyng og forekomsten af græsning er højere på de sparsomme klitheder på Sjælland og øerne.

Overvågningsstationerne for naturtypen ligger overvejende indenfor habitatområderne. Overvågningsdata viser, at tilstanden i klithederne er noget bedre inden for - end uden for habitatområderne. Således er der signifikant højere dækning af hedelyng og klokkelyng inden for end uden for habitatområderne. Her er endvidere en signifikant lavere dækning af høje vedplanter og en lavere udbredelse af invasive arter, herunder også rynket rose og bjerg-fyr. Endelig er kvælstofindholdet i skudspidserne af dværgbuske lavere, C/N-forholdet højere og de næringselskende arter er mindre udbredte inden for -end uden for habitatområderne. Dog er pH signifikant lavere inden for – end uden for habitatområderne, mens udbredelsen af stjerne-bredribbe er signifikant højere.

Der er tydelige tegn på en forværring af tilstanden i klithederne i perioden 2004-2022. Således er der registreret et signifikant fald i jordens pH og C/N forhold, hvilket kan tyde på ophobning af kvælstof fra atmosfærisk deposition eller en stigende omsætning af jordens organiske kulstof. Der er også et fald i dækningen af laver, dværgbuske og klokkelyng, ligesom der er en signifikant stigning i udbredelsen af bølget bunke samt Ellenbergs indikator for næringsstof og næringsratioen. Der er endvidere en signifikant stigning i udbredelsen af rynket rose og stjerne-bredribbe, samt dækningen af både høje og lave vedplanter. Det tyder på en tiltagende tilgroning. Til gengæld er der er en signifikant stigning i antallet af arter, dækningen af bar mineraljord, og udbredelsen af græsning, samt et signifikant fald i udbredelsen af bjerg-fyr i perioden. Endelig viser overvågningsdata at klithederne er blevet lidt vådere i perioden, hvilket formodentlig kan tilskrives klimatiske forandringer med øgede nedbørsmængder i perioden.