Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i våd hede en høj dækning af dværgbuske, en moderat dækning af bar jord og middelhøje græsser og urter samt en lav dækning af lave og høje græsser og urter (se Tabel 16-19 i Fredshavn og Ejrnæs 2009). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. I våd hede tillægges tegn på afvanding og eutrofiering, dækningen af vedplanter og invasive plantearter samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (se Tabel 4010.105).

Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 4010.105. Det er primært dækningen af vedplanter og invasive plantearter, tegn på afvanding, andelen af arealet med græsning samt tilstedeværelsen af negative og fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen. Andre indikatorer, som eksempelvis græs- og urtevegetationens højdefordeling (lave, middelhøje og høje græsser og urter), er langt fra den optimale tilstand for naturtypen, men tillægges en lille betydning i beregningerne af strukturindekset.

Den gennemsnitlige score har ændret sig for en række indikatorer gennem de tre kortlægninger, hvilket også kommer til udtryk i en mindre stigning i strukturindekset fra anden til tredje kortlægning (se Tabel 4010.102). Der er en lille stigning i scoren for udbredelsen græsning, hvilket afspejler indgåelsen af en række nye plejeaftaler siden 2014 som en del af naturplanindsatsen, mens også et fald i scoren for høje græsser og urter. Der er også en stigning i scoren for de negative og et fald i scoren for de positive naturtypekarakteristiske strukturer (begge med 10 % betydning i strukturindekset), hvilket delvist kan tilskrives en ændring af de positive strukturer. Endelig ses en stigning i scoren for afvanding fra anden til tredje kortlægning, hvilket kunne tyde på, at flere våde heder har fået en mere naturlig hydrologi. Da det kortlagte areal med våd hede stiger markant gennem kortlægningsperioden, og særligt fra første til anden kortlægning (se Tabel 4010.101), kan ændringerne ikke umiddelbart tages som udtryk for det fulde omfang af forandringerne i naturtypens strukturelle tilstand.

Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 4010.103. Naturlige forstyrrelser, i form af græsning og brand, formår kun i meget lille grad at skabe og fastholde åbninger i vegetation. Således har få procent af våd hede en dækning af bar jord på mere end 5 %. På hovedparten af arealet er dækningen af laver under 5 %, mens mosserne er noget mere udbredte. Dværgbuske og middelhøje græsser og urter dominerer vegetationsdækket mens lav og høj græs- og urtevegetation er noget mere sporadisk. Vedplantedækningen er moderat og godt en fjerdedel af det kortlagte areal har en vedplantedækning over 10 %, mens invasive plantearter er ret udbredte (se også Tabel 4010.104). Der er græsning på omtrent en femtedel af arealet med våd hede og kun få af de kortlagte arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der er tegn på afvanding i form af perifere og dårligt fungerende grøfter på op mod halvdelen af arealet med våd hede. Der er hverken registreret tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring eller randpåvirkninger fra tilstødende marker. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning og betydningen af begrænsninger i den naturlige hydrologi ved afvanding og vandindvinding er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.