I NOVANA-regi foretages en lang række forskellige optællinger af fugle.
Der foretages årlige, reducerede midvintertællinger af vandfugle, som har til formål at beskrive antal og geografisk fordeling af en række arter vandfugle, som har deres maksimale forekomst i Danmark ved midvinter. Hvert tredje år laves tillige en landsdækkende optælling, som dækker det meste af de indre danske farvande og de fleste store søer. De årlige tællinger fokuserer specielt på gæs og gulnæbbede svaner, samt på en række udvalgte lokaliteter, der danner baggrund for indeksberegninger baseret på af en række arter vandfugle, hvor de landsdækkende også beskriver det totale antal overvintrende fugle for en lang række yderligere arter.
Hvert sjette år gennemføres også en landsdækkende optælling af fældende vandfugle. Tællingen finder sted i sensommeren (medio juli - august), hvor de danske farvande huser store forekomster af bl.a. fældende knopsvaner og flere arter af havdykænder.
Udover de store landsdækkende tællinger gennemføres også en række mere artsspecifikke optællinger, som især er rettet mod arter, hvis maksimale forekomster ligger udenfor midvinter- eller fældeperioden. Disse har lige som ovenstående til formål at dække arternes forekomst i de perioder, hvor de forekommer i de højeste antal. Dækningen fokuserer primært på fuglebeskyttelsesområder, hvor arterne er udpeget, men for en række arter af gæs og ænder er dækningsgraden næsten landsdækkende.