For habitatnaturtyper, hvor datagrundlaget er tilstrækkeligt stort (mindst 10 prøvefelter pr region), er der foretages en opdeling af data i fire regioner: Nordjylland, Vestjylland, Østjylland og Fyn, samt Sjælland og øer (Figur K1).
Den nordjyske region er sammenfaldende med NST-enheden Himmerland og opdelingen mellem den vest- og østjyske region er sammenfaldende med grænsen mellem de to biogeografiske regioner. Fyn hører til den østjyske region og Bornholm hører sammen med den sjællandske region.
I opdelingen er tilstræbt en nogenlunde lige fordeling af overvågningsstationer i det nye stationsnet (fra 2011) og af det § 3-beskyttede naturareal (fra 2015).
Figur K1. Kort over de fire regioner data er opdelt i for de naturtyper, hvor datagrundlaget er tilstrækkeligt stort.