Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i grå/grøn klit en høj dækning af bar jord og lave græsser og urter samt en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 9-12 i Fredshavn og Ejrnæs 2009). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. I grå/grøn klit tillægges forekomsten af vedplanter, invasive plantearter, kystsikring, afvanding og eutrofiering samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (Tabel 2130.105).

Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 2130.105. Det er primært dækningen af vedplanter, invasive plantearter, andelen af arealet med græsning samt tilstedeværelsen af negative og fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen.

For en række indikatorer ses et fald i de gennemsnitlige scorer gennem de tre kortlægningsperioder, hvilket også kommer til udtryk i et tydeligt fald i strukturindekset (se Figur 2130.101). Der er et tydeligt fald i scoren for vedplanter og invasive plantearter som indikation på at deres udbredelse er steget i perioden. En del af ændringen kan dog også skyldes præciseringer af opgørelsesmetoden. Der er indgået en række nye plejeaftaler siden 2014 som en del af naturplanindsatsen, hvilket kan forklare en stigende udbredelse af græsning gennem perioden. Endelig ses et mindre fald i scoren for de positive naturtypekarakteristiske strukturer (med 15 % betydning i strukturindekset), hvilket delvist kan tilskrives en ændring af de konkrete strukturer, der eftersøges for naturtypen.

Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 2130.103. Naturlige forstyrrelser, i form af græsning og vindens omlejring af sandet, formår kun i nogen grad at skabe og fastholde åbninger i vegetation på de kortlagte grå/grønne klitter. Således har mere end to tredjedele af arealet en dækning af bar jord på mindre end 5 %. På knap halvdelen af arealet er dækningen af laver under 5 % og få arealer har en høj dækning. Mosserne er lidt mere udbredte end laverne. Græs- og urtevegetationen er relativ tæt og lave græsser og urter har en høj dækning på godt en tredjedel af arealet, mens middelhøje græsser og urter (på 15 til 50 cm) er lidt mere udbredte. Vedplantedækningen er relativt lav som følge af de naturlige forstyrrelser fra havet og vinden og invasive plantearter er ret udbredte (se også Tabel 2130.104). Knap en fjerdedel af arealet er græsset og meget få arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der sker ikke afvanding af grå/grøn klit, ligesom der ikke er registreret tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring samt randpåvirkninger fra tilstødende marker. Der er kun registreret tegn på en sporadisk begrænsning af den naturlige kystdynamik på en meget lille andel af de grå/grønne klitter. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning og betydningen af begrænsninger i den naturlige kystdynamik er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.