Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i grårisklit en høj dækning af vedplanter, en lav dækning af bar jord og en moderat dækning af lave, middelhøje og høje græsser og urter (se Tabel 9-12 i Fredshavn og Nygaard 2014). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. I grårisklit tillægges dækningen af dværgbuske, vedplanter og invasive plantearter, kystsikring samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (se Tabel 2170.105).
Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de to kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 2170.105. Det er primært invasive plantearter, andelen af arealet med græsning samt tilstedeværelsen af negative naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen.
For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de to kortlægningsperioder, hvilket også kommer til udtryk i en nogenlunde uændret strukturindeks (se Tabel 2170.102). Da det kortlagte areal med naturtypen stiger fra anden til tredje kortlægningsperiode (se Tabel 2170.101), kan ændringerne i scorerne ikke umiddelbart tages som udtryk for det fulde omfang af forandringerne i naturtypens strukturelle tilstand.
Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 2170.103. Naturlige forstyrrelser, i form af græsning og vindens omlejring af sandet, formår kun i meget lille grad at skabe og fastholde åbninger i vegetation i de kortlagte grårisklitter. Således har blot en ottendedel af arealet en dækning af bar jord på mere end 5 %. Laver forekommer ret sporadisk, mens mosser er noget mere udbredte. Grårisklit er et vedplantedomineret plantesamfund og er dækningen af træer og buske relativt høj og domineret af gråris (se Tabel 2170.103A), men alligevel tilstrækkelig åben til at give plads til dværgbuske samt græsser og urter af forskellig højde. Invasive plantearter er spredt forekommende (se også Tabel 2170.104). Mindre end en femtedel af arealet er græsset og kun få arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der sker kun undtagelsesvis afvanding af grårisklitterne, ligesom der ikke er registreret tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring samt randpåvirkninger fra tilstødende marker. Der er kun registreret tegn på begrænsninger af kystdynamikken på en meget lille andel af grårisklitterne. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning, betydningen af begrænsninger i den naturlige kystdynamik og effekterne af afvanding og vandindvinding på de hydrologiske forhold er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.
Som en del af strukturtilstanden er registreret en række positive og negative naturtypekarakteristiske strukturer, der er specifikke for den enkelte naturtype (link). Stor udbredelse af positive strukturer indikerer, at grårisklitterne har frie dynamiske processer (i form af græsning, sandpålejring og erosion) og er relativt upåvirkede af kulturindgreb i form af eutrofiering, reduktion af kystdynamik eller tilgroning. Stor udbredelse af negative strukturer indikerer, at grårisklitterne er stærkt kulturpåvirkede og at de dynamiske processer er begrænsede, eksempelvis i form af kystsikring.
Der er registreret en langt større udbredelse af positive end negative naturtypekarakteristiske strukturer på grårisklit (Figur 2170.104). Dækning af gråris, partier med fugtig bund og aldersvariation i gråris er de klart mest udbredte positive strukturer, mens monoton og artsfattig vegetation uden væsentlig variation er den hyppigst registrerede negative struktur.