Overvågningen omfatter dels en fastlæggelse af artens udbredelse udtrykt ved antallet af UTM-kvadrater og lokaliteter arten optræder i (Tabel 1 og Figur 1) og dels en systematisk bestandsopgørelse. En bestand er en samling af enkeltindivider af enkelt månerude på et levested. Enkelt månerude formerer sig udelukkende ved sporer og alle planter optælles derfor som selvstændige individer. Overvågningen udføres ved en totaloptælling af antallet af individer. Fordeling og udbredelse fastlægges ved GPS-registrering af de enkelte individer eller klumper af individer. Under feltregistreringen fordeles antallet af optalte planter af enkelt månerude på sporehusbærende og vegetative individer. De sporehusbærende individer er et mål for en bestands formeringspotentiale. Der registreres endvidere en række levestedsdata i form af biotiske og abiotiske faktorer, jf. den tekniske anvisning (Wind & Nygaard 2012). Metoden er nogenlunde uændret gennem de tre programperioder.

Enkelt månerude er siden 2004 blevet overvåget intensivt i alle kendte bestande og eftersøgt på et større antal potentielle lokaliteter. I første programperiode (2004-2011) blev enkelt månerude overvåget årligt på to lokaliteter på henholdsvis Djursland og Saltbæk Vig Vest (dog ikke i 2007). Enkelt månerude blev registreret på Djursland i 2005 i forbindelse med anden overvågning uden angivelse af individantal (Søgaard m.fl. 2013) og er ikke fundet her siden. Arten blev i samme periode eftersøgt på yderligere 12 potentielle lokaliteter, hvor arten tidligere har været fundet, eller som er blevet vurderet som egnede voksesteder. I anden programperiode (2012-2016) blev enkelt månerude overvåget årligt på tre lokaliteter, herunder en nyfundet bestand ved Saltbæk Vig Øst (fra 2015). Herudover er arten eftersøgt på 26 potentielle lokaliteter uden fund. I tredje programperiode (2017-2021) overvåges arten hvert andet år på fire lokaliteter, herunder en ny lokalitet på Eskebjerg Vesterlyng. Den er eftersøgt på 12 potentielle lokaliteter uden fund.

NOVANA-programmets systematiske gennemgang af potentielle levesteder for enkelt månerude har ført til, at antallet af kendte bestande er øget siden 2004 (Tabel 1 og 2).

I 2019 blev der registreret 28 overjordiske skud af enkelt månerude (Tabel 2 og Figur 2). Antallet af overjordiske skud af enkelt månerude har varieret i overvågningsperioden både på de enkelte lokaliteter og den samlede bestand. På grund af den ringe højde, nedbidning på græssede lokaliteter og tidlig nedvisning er enkelt månerude meget let at overse og arten er i stand til at overleve en periode under jorden uden at sætte overjordiske skud. Det største antal overjordiske skud blev registreret ved overvågningens start i 2004 på den vestlige lokalitet ved Saltbæk Vig (149 individer), men antallet faldt betragteligt allerede året efter. Der er ikke registreret overjordiske skud på lokaliteten i en periode på otte år (2008-2015), hvorefter der igen er registreret et mindre antal skud. I 2015 dukkede enkelt månerude op i den østlige del af Saltbæk Vig med 131 overjordiske skud. Arten blev fundet på en ny lokalitet på Eskebjerg Vesterlyng i 2017 med to overjordiske skud, men den er ikke genfundet her i 2019. På Djurslands lokaliteten ved Fjellerup er arten ikke fundet siden 2005. Variationen i antallet af registrerede skud skal ses i sammenhæng med artens biologi og dens størrelse, der gør, at den let kan overses, ligesom den kan overleve en periode under jordoverfladen uden at sætte overjordiske skud.