Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i græs-indlandsklit en høj dækning af lave græsser og urter, en moderat dækning af barjord samt en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 16-19 i Fredshavn og Nygaard 2014). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. I græs-indlandsklit tillægges dækningen af dværgbuske, vedplanter og invasive plantearter, græsning, tegn på eutrofiering samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (se Tabel 2330.105).
Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de to kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 2330.105. Det er primært dækningen af vedplanter, invasive plantearter, samt andelen af arealet med græsning, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen. Andre indikatorer, som eksempelvis dækningen af bar jord og lave og græsser og urter, er langt fra den optimale tilstand for naturtypen, men tillægges en lille betydning i beregningerne af strukturindekset.
For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de tre kortlægningsperioder, eller også er der ingen entydig trend. Den mindre stigning i strukturindekset, særligt fra første til anden kortlægning (se Tabel 2330.102), kan således ikke tilskrives enkelte indikatorer med en tydelig trend, men snarere kombinationen af indikatorer. Der ses en stigning i scoren for lave græsser og urter og udbredelsen af græsning, men også et fald i scoren for de middelhøje græsser og urter. Der ses også et fald i scoren for de negative naturtypekarakteristiske strukturer fra første til anden kortlægning og en stigning fra anden til tredje kortlægning (med 12,5 % betydning i strukturindekset). Ændringerne fra første til anden kortlægning hænger sammen med, at der ikke var udpeget eksempler på naturtypekarakteristiske strukturer for indlandsklitterne i den første kortlægning. Ændringerne fra den anden til den tredje kortlægning hænger sammen med, at listen over strukturerne er ændret, så den er specifik for græs-indlandsklit i stedet for generel for de tre indlandsklittyper. Da det kortlagte areal med naturtypen falder fra anden til tredje kortlægningsperiode (se Tabel 2330.101), kan ændringerne i scorerne ikke umiddelbart tages som udtryk for det fulde omfang af forandringerne i naturtypens strukturelle tilstand.
Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 2330.103. Naturlige forstyrrelser, i form af græsning og erosion fra vinden, formår i nogen grad at skabe og fastholde åbninger i vegetation. Således har halvdelen af arealet med græs-indlandsklit en dækning af bar jord på mere end 5 %. På hovedparten af arealet er dækningen af laver under 10 %, mens mosserne er noget mere udbredte. Lave græsser og urter dominerer vegetationsdækket og middelhøje græsser og urter dækker mere end 10 % på to tredjedele af arealet, mens dværgbuske og høje græsser og urter er noget mere spredt forekommende. Vedplantedækningen er relativt lav, mens invasive plantearter er ret udbredte (se også Tabel 2330.104). Der er græsning på omtrent en ottendedel af arealet med græs-indlandsklit og ingen af de kortlagte arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der er hverken registreret tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring eller randpåvirkninger fra tilstødende marker. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning er vanskelig at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.
Som en del af strukturtilstanden er registreret en række positive og negative naturtypekarakteristiske strukturer, der er specifikke for den enkelte naturtype (link). Stor udbredelse af positive strukturer indikerer, at græs-indlandsklit har frie dynamiske processer (i form af græsning, brand, sandpålejring og erosion) og er relativt upåvirkede af kulturindgreb i form af eutrofiering, reduktion af sandflugt eller tilgroning. Stor udbredelse af negative strukturer indikerer, at græs-indlandsklitterne er stærkt kulturpåvirkede og at de dynamiske processer er begrænsede, eksempelvis ved fravær af græsning.
Der er registreret meget større udbredelse af positive end negative naturtypekarakteristiske strukturer i græs-indlandsklit (Figur 2330.104). Forekomst af enårige arter og dækning af rensdyrlaver og andre laver er nogle af de mest udbredte positive strukturer, mens dækning af blåtop og eller bølget bunke samt monoton og artsfattig vegetation uden væsentlig variation er de hyppigst registrerede negative strukturer.
