Kontrolovervågningen har udgangspunkt i Habitatdirektivets forpligtelse til at rapportere bevaringsstatus for naturtyper og arter, den såkaldte Artikel 17-rapportering, og forpligtelsen til at rapportere tilstand og udvikling for en række fuglearter jf. Fuglebeskyttelsesdirektivets Artikel 12. Desuden bidrager overvågningen med data til andre internationale rapporteringer og en generel viden om naturens tilstand i Danmark. Kontrolovervågningen omfatter:
Foruden kontrolovervågningen består NOVANA overvågningen også af en operationel overvågning i form af en fladedækkende kortlægning i de udpegede habitatområder.
Kontrolovervågningen har foregået i to programperioder siden 2004 som en del af NOVANA - det nationale program for overvågning af vandmiljøet og naturen. Den overordnede beskrivelse af NOVANA-programmets formål, strategi og indhold kan læses i programbeskrivelsen for hhv. den første programperiode (2004-2011) og den anden programperiode (2010-2015).
I første programperiode blev de lysåbne naturtyper og skovtyperne overvåget årligt eller hvert 6. år, og i anden programperiode hvert 6. år. Arternes overvågningshyppighed varierer fra årligt til hvert 6. år.
Resultaterne af kontrolovervågningen af de terrestriske habitatnaturtyper er afrapporteret årligt siden NOVANA-programmets start i 2004. Tidligere års rapporteringer kan ses længere nede på denne side.