En gunstig tilstand i klitlavning forudsætter, at de naturlige hydrologiske processer i kystklitterne får lov at råde, og udtørring som følge af afvanding er en af de vigtigste negative påvirkninger af klitlavningernes tilstand. Klitlavningernes hydrologi varierer meget og vandet kan både komme fra en regnvandsbetinget tidvis høj vandstand eller en mere permanent vandmætning som følge af et højt grundvandsspejl. En tæt kontakt til grundvandet afhænger af at sandet bevæger sig frit i klitterne, så erosionen i vindbrudene blotlægger det fugtige og våde sand. Klitlavning med naturlig hydrologi rummer både vandmættede rørsumpe, søbredder, fugtige enge og kær (rigkær og fattigkær), og ofte ses en tydelig zonering fra de tørre øvre dele af lavningerne til den fugtige eller våde bund. Klitlavningerne kan være tidvist vanddækkede, og vandstanden kan svinge meget fra år til år. Denne dynamik er med til at holde vegetationen åben.

Afvanding i kystklitterne sker primært ved vandindvinding til drikkevand og markvanding, der fører til en sænkning af grundvandsspejlet. Dog kan der også være udtørring pga. lokal afvanding ved drænrør, drængrøfter og kanalisering, hvorved vandet ledes bort. Klitlavninger, der har været udnyttet til intensiv græsning og høslæt, er typisk afvandet med henblik på at forlænge græsningsperioden samt muliggøre omlægning til kulturgræsser eller udbringning af gødning og har derfor en mere ensartet hydrologi.

En detaljeret beskrivelse af de hydrologiske forhold på overvågningsstationerne er meget ressourcekrævende og ligger uden for NOVANA programmets rammer. Naturtypens hydrologi er derfor dokumenteret ved dækningen af blankt vand ud fra pinpoint-data og en estimeret vanddækning i 5 m cirklerne, samt Ellenbergs indikatorværdi for fugtighed. Dækningen af blankt vand og vanddækningen i 5 m cirklen er udtryk for vandstanden på overvågningstidspunktet. Vandstanden varierer betragteligt over året og mellem tørre og våde år og vil kunne ændre sig brat ved øget eller mindsket afvanding. Ellenbergs indikatorværdi for fugtighed er et udtryk for planternes fugtighedspræferencer og dermed et udtryk for de hydrologiske forhold på levestedet integreret over en længere periode. Den gennemsnitlige indikatorværdi viser, om der er en overhyppighed af tørketolerante arter i vegetationen, der kan fortrænge de fugtighedskrævende arter, der er karakteristiske for klitlavning.