Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder vegetationens højde og sammensætning af laver, mosser, urter, græsser, dværgbuske og vedplanter, forekomsten af invasive plantearter, tegn på græsning/høslæt, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger og udbredelsen af en række naturtypekarakteristiske strukturer. Laver, mosser og tørvemosser indgår ikke i beregningerne af strukturtilstanden. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i avneknippemose en høj dækning af høje græsser og urter, en moderat dækning af middelhøje græsser og urter samt en lav dækning af bar jord og lave græsser og urter (se Tabel 37-40 i Fredshavn og Ejrnæs 2009). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. I avneknippemose tillægges tegn på afvanding og eutrofiering, og dækningen af høje græsser og urter, invasive plantearter samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (se Tabel 7210.105).

Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 7150.105. Det er primært dækningen af middelhøje græsser og urter, afvanding, samt tilstedeværelsen af negative og fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen. Andre indikatorer, som eksempelvis dækningen af vedplanter, er langt fra den optimale tilstand for naturtypen, men tillægges en lille betydning i beregningerne af strukturindekset. For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de tre kortlægningsperioder, eller også er der ingen entydig trend, hvilket også kommer til udtryk i et fluktuerende strukturindeks (se Figur 7210.101). Da det kortlagte areal med naturtypen varierer i perioden (se Tabel 7150.101), kan ændringerne i scorerne ikke umiddelbart tages som udtryk for det fulde omfang af forandringerne i naturtypens strukturelle tilstand.

Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 7210.103. Naturlige forstyrrelser, fx i form af græsning og vanderosion, har skabt åbninger i vegetationen på en relativt lille andel af det kortlagte areal og mere end 80 % af arealet med avneknippemose har en dækning af bar jord på mindre end 5 %. Dækning af bladmosser er ret begrænset, og lave græsser og urter er næsten fraværende. Vegetationsdækket er højtvoksende og tæt, med dominans af høje græsser og urter som fx hvas avneknippe, mens middelhøje græsser og urter er noget mere spredt forekommende. Vedplantedækningen er relativt høj og knap en tredjedel af det kortlagte areal har en vedplantedækning over 10 %, mens godt to femtedele af det kortlagte areal er træløs. Invasive plantearter er fraværende i avneknippemoserne (se også Tabel 7210.104). Der er græsning på 15 % af arealet og få af de kortlagte arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der er stort set ikke registreret tegn på eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring eller ingen tegn på randpåvirkninger fra tilstødende marker. Der er tegn på kystsikring på en ganske lille andel af arealet og tegn på afvanding i form af perifere eller ikke-fungerende grøfter på tre fjerdedel af det kortlagte areal. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning og betydningen af begrænsninger i den naturlige hydrologi ved afvanding og vandindvinding er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.