Avneknippemoser er våde rørsumpe præget af kalkrigt og næringsfattigt grundvand. Vegetationen er generelt relativt fattig på arter, og hvas avneknippe dominerer. Avneknippemoserne er lysåbne med høj rørsumpvegetation og en væsentlig andel har udbredte vedplanter. Til gengæld er invasive arter stort set fraværende i vegetationen. En mindre del af arealet har en tilstand med højere næringsstatus, end det er optimalt. Hydrologien synes at være i en god tilstand, om end der er en lav dækning af åbent vand i den tætte vegetation. 

De overvågede avneknippemoser er nogenlunde lige fordelt i de to østlige regioner, mens der ikke er udlagt overvågningsstationer i Nord- og Vestjylland. Overvågningsdata viser, at der ikke er væsentlige regionale forskelle i tilstanden af avneknippemose. Dog er græsning mere udbredt og det vanddækkede areal er mindre i den sjællandske region, mens dækningen af lave vedplanter er mindre end i den østjyske region.

Overvågningsstationerne for avneknippemose ligger overvejende inden for habitatområderne. Overvågningsdata viser, at tilstanden er lidt bedre inden for - end uden for habitatområderne. Således er der signifikant flere meget følsomme arter, en højere dækning af hvas avneknippe og halvgræsser, samt en større udbredelse af invasive arter inden for habitatområderne end uden for. Der er er også en signifikant lavere dækning af høje vedplanter inden for habitatområderne.

Der er små tegn på en forværring i tilstanden af avneknippemose i perioden 2004-2022, mens hovedparten af de målte indikatorer er stabile. Der er således en signifikant fald i antal meget følsomme arter, en stigning i vegetationshøjden og et fald i det vanddækkede areal.