Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder vegetationens højde og sammensætning af laver, mosser, urter, græsser, dværgbuske og vedplanter, forekomsten af invasive plantearter, tegn på græsning/høslæt, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger og udbredelsen af en række naturtypekarakteristiske strukturer. Laver, mosser og tørvemosser indgår ikke i beregningerne af strukturtilstanden. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i rigkær en høj dækning af lave og middelhøje græsser og urter, og en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 37-40 i Fredshavn og Ejrnæs 2009). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. I rigkær tillægges tegn på afvanding, græsning og eutrofiering, dækningen af vedplanter og invasive plantearter samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (se Tabel 7230.105).

Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 7230.105. Det er primært andelen af arealet med græsning, afvanding, dækningen af lave og høje græsser og urter, vedplanter, samt tilstedeværelsen af negative og fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen. Andre indikatorer, som eksempelvis dækningen af middelhøje græsser og urter, er langt fra den optimale tilstand for naturtypen, men tillægges ingen eller blot en lille betydning i beregningerne af strukturindekset. For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de tre kortlægningsperioder, eller også er der ingen entydig trend. Der ses dog en markant stigning i scoren for afvanding fra første til anden kortlægning, hvilket har en relativt stor betydning for den tilsvarende stigning i strukturindekset i denne periode (se Tabel 7230.102). Ændringen i den gennemsnitlige score for afvanding kunne tyde på, at flere rigkær har fået en mere naturlig hydrologi. At rigkærsvegetationen er blevet mere fugtig i perioden harmonerer med en stigende tendens i den gennemsnitlige Ellenberg-værdi for fugtighed i kontrolovervågningens prøvefelter. En del af den ret markante ændring i afvandingsindikatoren fra første til anden kortlægning kan dog også forklares ved ændrede definitioner i de tekniske anvisninger. I den første kortlægningsrunde indgik kendskabet til lokale vandindvindinger således i vurderingerne af effekterne af afvanding. I anden og tredje runde blev beskrivelserne af kategorierne ændret og der blev lagt større vægt på omfanget af grøfter og dræn, mens effekterne af vandindvinding blev nedtonet. Scoren for eutrofiering er også steget markant, som tegn på at en mindre andel af vegetationen er tydeligt påvirket af næringsstoffer. Men ændringen kan også hænge sammen med metodiske ændringer (fx opdeling af arealer med forskelligt forvaltningsbehov) og en mere grundig kortlægning, særligt fra første til anden kortlægning. En del af forklaringen på stigningen i scoren fra første til anden kortlægning, kan også være, at det efter den første kortlægning blev præciseret, at registreringen kun omfatter arealandelen med tydelig eutrofiering og at diffus, luftbåren eutrofiering ikke tæller med. I kontrolovervågningen er der således ingen tegn på en bedring af næringsstatus i rigkærene, hvor der er en signifikant stigning i kvælstofindholdet i spidserne af kærmosser og i Ellenbergs indikatorværdi for næringsstof i perioden 2004-2015. Endelig er der en tydelig stigning i scoren for de negative naturtypekarakteristiske strukturer.

Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 7230.103. Naturlige forstyrrelser, fx i form af græsning og udstrømning af grundvand, har skabt åbninger i vegetationen på en meget lille andel af det kortlagte areal og 95 % af arealet med rigkær har en dækning af bar jord på mindre end 5 %. Dækning af bladmosser er relativt høj, om end dækningen er under 5 % på knap en tredjedel af arealet mens tørvemosser er meget spredt forekommende og laver stort set fraværende. Vegetationsdækket er relativt højtvoksende og tæt, med dominans af middelhøje og høje græsser og urter som fx kær-tidsel og lyse-siv, mens lave græsser og urter udgør en noget mindre del af vegetationsdækket. Vedplantedækningen er relativt høj og knap en tredjedel af det kortlagte areal har en vedplantedækning over 10 %, mens invasive plantearter er meget sporadisk forekommende (se også Tabel 7230.104). Der er græsning på mere end halvdelen af arealet og en mindre andel af det kortlagte areal er forvaltet med høslæt eller slåning. Der er næsten ikke registreret tegn på eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring eller randpåvirkninger fra tilstødende marker. Der er tegn på afvanding i form af perifere eller ikke-fungerende grøfter på mere end halvdelen af det kortlagte areal, og tydelig eller udbredt afvanding i form af udrettede vandløb, fungerende grøfter eller drænrør på yderligere en tiendedel. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning og betydningen af begrænsninger i den naturlige hydrologi ved afvanding og vandindvinding er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.