En gunstig tilstand i indlandssalteng forudsætter, at de naturlige hydrologiske processer får lov at råde, og udtørring som følge af afvanding er en af de vigtigste negative påvirkninger af naturtypens tilstand. Indlandssalteng er en grundvandsbetinget naturtype og findes, hvor saltholdigt grundvand vælder frem eller trykkes op i rodzonen. Naturtypen varierer med hensyn til vandstand og grundvandsfremstrømning og dermed også sammensætningen af arter i vegetationen. I indlandssalteng med naturlig hydrologi findes således både våde rørsumppartier med tagrør og strandkogleaks i lavninger og tæt på det fremvældende grundvand, fugtige partier med kryb-hvene, harril og strand-trehage og tørrere partier med lavere saltpåvirkning.

Den naturlige hydrologi kan være påvirket af menneskelige aktiviteter i form af lokal afvanding ved drænrør, drængrøfter, og kanalisering, hvorved det fremstrømmende vand ledes bort. På en lidt større skala vil vandindvinding til drikkevand og markvanding føre til en sænkning af grundvandsspejlet. Indlandssaltenge, der har været udnyttet til intensiv græsning og høslæt, kan være afvandet med henblik på at forlænge græsningsperioden samt muliggøre omlægning til kulturgræsser eller udbringning af gødning og har derfor en mere ensartet hydrologi. Sænkning af vandstanden ilter jorden og fremmer herved omsætningen af organisk stof og frigørelsen af næringsstoffer. Dette påvirker sammensætningen af karplanter mod mere kvælstofelskende og tørkeelskende arter.

En detaljeret beskrivelse af de hydrologiske forhold på overvågningsstationerne er meget ressourcekrævende og ligger uden for NOVANA programmets rammer. Naturtypens hydrologi er derfor dokumenteret ved en estimeret vanddækning i 5 m cirklerne, samt Ellenbergs indikatorværdier for fugtighed og salinitet. Vanddækningen i 5 cirklen er udtryk for vandstanden på overvågningstidspunktet. Vandstanden varierer betragteligt over året og mellem tørre og våde år og vil kunne ændre sig brat ved øget eller mindsket afvanding. Ellenbergs indikatorværdi for fugtighed er et udtryk for planternes fugtighedspræferencer og dermed et udtryk for de hydrologiske forhold på levestedet integreret over en længere periode.  Den gennemsnitlige indikatorværdi viser, om der er en overhyppighed af tørketolerante arter i vegetationen, der kan fortrænge de fugtighedskrævende arter, der er karakteristiske for naturtypen. Ellenbergs indikatorværdi for salinitet er med som et udtryk for planternes tilpasning til saltpåvirkning og indikerer dermed, i hvilket omfang saltengene oversvømmes med saltholdigt grundvand.