Naturtilstandsindekset beregnes på grundlag af et strukturindeks og et artsindeks, der hver især fortæller noget om arealet som levested og hvilke arter, der aktuelt er tilstede på den bedst udviklede og mindst påvirkede del af det kortlagte areal.

Naturtilstanden vurderes, som struktur- og artsindeksene, på en referenceskala fra 0 og 1, hvor 1 er den bedst opnåelige tilstand, og 0 er den dårligste (se Figur A2). Naturtilstanden inddeles i fem tilstandsklasser, der karakteriserer hhv. høj, god, moderat, ringe og dårlig naturtilstand. Høj og god naturtilstand karakteriserer en gunstig naturtilstand, hvor omfanget af negative, menneskelige påvirkninger er så begrænset, at naturtypen kun afviger lidt fra, hvad der normalt gælder under uberørte forhold. Forvaltningsbehovet for sådanne arealer består primært i at opretholde den gunstige tilstand. For de tre ringeste tilstandsklasser er påvirkningerne så markante, at der er tydelige tegn på forandringer fra den uberørte tilstand, og der er behov for en særlig forvaltningsindsats, hvis naturtypen skal genoprettes i en gunstig tilstand.

Naturtilstanden beregnes som et vægtet gennemsnit af de enkelte arealers struktur- og artstilstand. Vidt forskellige struktur- og artsindeks kan altså give anledning til den samme vurdering af naturtilstand. Ét areal kan have et lavt strukturindeks og et højt artsindeks, og et andet areal med samme naturtilstand kan have et højt strukturindeks og et lavt artsindeks. Naturtilstandsindeksets to underliggende indeks har således stor forklaringsværdi i sig selv, og denne information bør inddrages, når arealernes aktuelle tilstand og potentiale for forbedringer vurderes.