De indsamlede kortlægningsdata danner grundlag for en række målte og beregnede indikatorer for de terrestrisk naturtypers tilstand. Indikatorerne afspejler de økologiske processer, der er nødvendige, for at naturtyperne kan opretholdes på længere sigt, og kan variere betragteligt mellem naturtyperne. Indikatorerne relaterer sig til vegetationens  artssammensætning og struktur (fx vedplantedækning, vegetationshøjde og bar jord) og skovstruktur (fx dødt ved, store træer og levende træer med hulheder og rådne partier).

Tabel B2. Oversigt over indikatorer for naturtilstanden i  terrestriske habitatnaturtyper.