Ved kortlægningen vurderes udbredelsen og dækningen af en række strukturindikatorer. Hver indikator er beskrevet i en række kategorier, og arealet er tildelt den kategori, der bedst beskriver den aktuelle tilstand. Dækningen af lav græs- og urtevegetation er således opgjort i kategorierne 0-5 %, 5-10 %, 10-30 %, 30-75 % og 75-100 % af arealet. I tilstandsvurderingssystemet er den kategori, der for den enkelte naturtype er mest optimal, tildelt scoren 1,0 (100 %) og de øvrige kategorier er tildelt scorer på en skala fra 0 til 1. For naturtypen strandeng (1330) er en høj dækning af lav græs- og urtevegetation (75-100%), den mest optimale strukturtilstand for den indikator (se Tabel E2).

Hver indikator er endvidere tildelt en vægt, der beskriver indikatorens betydning for hhv. den overordnede indikatorgruppe (fx vegetationsstruktur) og betydningen inden for gruppen. Indikatorgruppernes samlede vægt summerer til 100 %, og indikatorerne inden for gruppen summerer til 100 %. Lav græs- og urtevegetation er således en indikator i indikatorgruppen vegetationsstruktur og for eksempelvis strandeng har vegetationsstruktur vægten 25 % og lav græs- og urtevegetation vægten 20 % (Se Tabel E2). Tilsammen har lav græs- og urtevegetation på strandeng altså vægten 25 % * 20 % = 5 % af det samlede strukturindeks.

Ved beregningen af strukturindekset adderes alle indikatorers multiplicerede scorer og vægte. I den optimale tilstand for en naturtype har alle indikatorer scoren 100 %, hvilket resulterer i et strukturindeks på 1. For naturarealer i en mindre optimal tilstand har én eller flere indikatorer en score mellem 0 og 100 % og vægtes sammen til en strukturtilstand mellem 0 og 1.