I det afgrænsede areal med en habitatnaturtype er registreret udbredelse og dækning af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer efter metoderne i den gældende tekniske anvisning for hhv. lysåbne og skovhabitatnaturtyper. Hver strukturindikator er beskrevet i en række kategorier, og i felten er angivet den kategori, der beskriver arealets tilstand bedst muligt. Alle 34  de lysåbne naturtyper benytter de samme strukturindikatorer (fx dækning af dværgbuske, mosser og laver, samt forekomst af kystsikring), ligesom alle de 10 skovhabitatnaturtyper har fælles indikatorer (fx dødt ved og store træer).

Strukturindikatorerne indgår i beregningerne af et strukturindeks for hvert kortlagt areal.