I felten afgrænses og identificeres alle forekomster med habitatnatur inden for habitatområderne efter metoderne i den gældende tekniske anvisning for hhv. lysåbne og skovhabitatnaturtyper. Ved genkortlægning er taget udgangspunkt i de kortlagte polygoner fra den forrige kortlægningsrunde. De kortlagte arealer skal være relativt ens i forhold til de strukturelle (fx tilgroningsgrad) og driftsmæssige forhold (fx om der er græsning). Ved større forskelle opdeles arealet. Ved mosaikforekomster med to eller flere naturtyper, fx grå/grøn klit og hvid klit på en klithede, må arealerne ikke have modsatrettede forvaltningsbehov. Alle habitatnaturtyper, der indgår i en mosaik er registreret særskilt.
Med udgangspunkt i vegetationens artssammensætning og de strukturelle forhold bliver habitatnaturtyperne identificeret efter ”Nøgle til bestemmelse af Habitatdirektivets naturtyper” og ”Beskrivelser af Habitatdirektivets naturtyper”. I henhold til EU's fortolkningsmanual er habitatnaturtyperne tolket bredt, så hele variationsbredden i naturtypen er inkluderet i kortlægningen.