Artsindekset beregnes som et vægtet gennemsnit af artsscoreindekset og artsdiversitetsindekset, idet artsscoreindekset vægter 0,75 og artsdiversitetsindekset vægter 0,25. Artsscoreindekset beregnes ud fra gennemsnittet af arternes scorer, uanset hvor mange arter der indgår i artssammensætningen. Artsdiversitetsindekset beregnes ud fra summen af arternes scorer, og afhænger således af antallet af arter.

Begge indeks beregnes på grundlag af vegetationens artssammensætning i en dokumentationscirkel med radius 5 m. Dokumentationscirklen skal beskrive det biologiske potentiale på arealet og dokumentere den angivne habitatnaturtype. Dokumentationscirklen er ikke repræsentativt for hele det kortlagte areal, men sikrer en dokumentation af naturtypen i sin mest udviklede form på lokaliteten.

Arterne i dokumentationscirklen har hver en artsscore mellem -1 og 7, og afhængig af naturtypen er arterne således inddelt i hhv. bidragsarter, problemarter og nularter.