Sammenlagt viser overvågningsdata, at vegetationen i havtornklit er relativt høj, med spredte havtornbuske og højere dækning af vedplanter end de øvrige klittyper. Vegetationen er generelt relativt artsrig, og i forhold til de øvrige klittyper er der en høj dækning af bredbladede urter. Havtornklit er basisk og relativt næringsrig med en del nitrofile arter, hvilket afspejler, at havtorn selv tilfører jorden kvælstof via fiksering af atmosfærisk kvælstof i rodknoldene.

Havtornklit findes primært i Nordjylland, i mindre omfang i Vestjylland, mens der ikke er udlagt overvågningsstationer i de to østlige regioner. Vegetationen i de vestjyske havtornklitter rummer flere arter og arter, der er følsomme overfor næringspåvirkning og tilgroning. Der er en markant større dækning af dværgbuske, men også en langt større udbredelse af invasive arter. I de nordjyske havtornklitter er der en langt større dækning af havtorn end i Vestjylland, og træerne og buskene er højere, selvom der er mere udbredt græsning. Endelig er jordbunden mere kalkholdig og de næringselskende arter mere udbredte.

Overvågningsstationerne for naturtypen ligger overvejende indenfor habitatområderne. Overvågningsdata peger på, at der ikke er væsentlig forskel i tilstanden inden for og uden for habitatområderne. Dog er der signifikant flere følsomme arter og en højere dækning af dværgbuske, men også en lavere dækning af havtorn og lavere udbredelse af græsning inden for - end uden for habitatområderne.

Der er små tegn på en forandring i tilstanden af havtornklit i perioden 2011-2022, mens hovedparten af de målte indikatorer er stabile. Således er der et signifikant fald i antallet af meget følsomme arter, dækningen af bredbladede urter og dækningen af halvgræsser. Samtidig er der dog også et signifikant fald i dækningen af græsser