Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i kalkoverdrev en høj dækning af lave græsser og urter samt en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 23-26 i Fredshavn og Ejrnæs 2009). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. På kalkoverdrev tillægges dækningen af vedplanter og invasive plantearter, græsning, tegn på eutrofiering, samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (se Tabel 6210.105).

Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 6210.105. Det er primært græs- og urtevegetationens højdefordeling (lave og middelhøje græsser og urter), andelen af arealet med græsning samt tilstedeværelsen af negative og fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen.

For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de tre kortlægningsperioder, hvilket også kommer til udtryk i et uændret strukturindeks (se Tabel 6210.102). Der er en lille stigning i scoren for vedplanter, invasive plantearter og i udbredelsen græsning, hvilket afspejler indgåelsen af en række nye plejeaftaler siden 2014 som en del af naturplanindsatsen. Der er også en tydelig stigning i scoren for eutrofiering, som tegn på at en mindre andel af vegetationen er tydeligt påvirket af næringsstoffer, men ændringen kan også hænge sammen med metodiske ændringer (fx opdeling af arealer med forskelligt forvaltningsbehov) og en mere grundig kortlægning, særligt fra første til anden kortlægning. En del af forklaringen på stigningen i scoren fra første til anden kortlægning, kan også være at det efter den første kortlægning blev præciseret, at registreringen kun omfatter arealandelen med tydelig eutrofiering og at diffus, luftbåren eutrofiering ikke tæller med. I kontrolovervågningen er der således tegn på en forværring af næringsstatus på kalkoverdrev. Endelig er der et fald i scoren for de positive naturtypekarakteristiske strukturer. Da det kortlagte areal med kalkoverdrev varierer gennem kortlægningsperioden (se Tabel 6210.101), kan ændringerne i scorerne ikke umiddelbart tages som udtryk for det fulde omfang af forandringerne i naturtypens strukturelle tilstand.

  Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 6210.103. Naturlige forstyrrelser, i form af græsning og erosion, formår kun i nogen grad at skabe og fastholde åbninger i vegetationen. Således har hovedparten af arealet med kalkoverdrev en dækning af bar jord på mindre end 5 %. Dækningen af laver er meget lav, mens mosserne er noget mere udbredte. Lave og middelhøje græsser og urter dominerer vegetationsdækket, mens høje græsser og urter er spredt forekommende og dværgbuske er fraværende. Vedplantedækningen er relativt høj og en tredjedel af det kortlagte areal har en vedplantedækning over 10 %, mens invasive plantearter er spredt forekommende (se også Tabel 6210.104). Der er græsning på tre fjerdedele af arealet med kalkoverdrev, mens en mindre andel af de kortlagte arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der er registreret tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring samt randpåvirkninger fra tilstødende marker på mindre end 10 % af arealet. Kontrolovervågningen har dog vist, at næringselskende arter er vidt udbredte på kalkoverdrev. Der kun er tegn på kystsikring på en ganske lille andel af arealet. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning og betydningen af begrænsninger i den naturlige kystdynamik er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.