Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer, modifikationer af hydrologi samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand i tidvis våd eng en høj dækning af lave og middelhøje græsser og urter samt en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 23-26 i Fredshavn og Ejrnæs 2009). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. I tidvis våd eng tillægges tegn på afvanding og i mindre grad også dækningen af lave og høje græsser og urter, vedplanter og invasive plantearter, samt tilstedeværelsen af negative og fraværet af positive naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (se Tabel 6410.105).

Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 6410.105. Det er primært græs- og urtevegetationens højdefordeling (lave og høje græsser og urter), tegn på afvanding og eutrofiering samt andelen af arealet med græsning, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen. Andre indikatorer, som eksempelvis dækningen af middelhøje græsser og urter, er langt fra den optimale tilstand for naturtypen, men tillægges en lille betydning i beregningerne af strukturindekset.

Der er en tydelig stigning i scoren for lav, middelhøj og høj vegetation, dækningen af vedplanter og invasive plantearter samt i udbredelsen græsning, hvilket afspejler indgåelsen af en række nye plejeaftaler siden 2014 som en del af naturplanindsatsen. Disse ændringer kommer til udtryk i en forbedring af strukturindekset (se Tabel 6410.102). Der er dog også et tydeligt fald i scoren for de positive naturtypekarakteristiske strukturer, men denne indikator indgår ikke i beregningerne af strukturindekset (0 % betydning). Der ses en stigning i scoren for afvanding, hvilket kunne tyde på, at flere tidvis våde enge har fået et mere naturligt hydrologisk regime. At vegetationen er blevet mere fugtig i perioden stemmer med en stigende (men dog ikke signifikant) tendens i den gennemsnitlige Ellenberg-værdi for fugtighed i kontrolovervågningens prøvefelter. En del af ændringen i afvandingsindikatoren fra første til anden kortlægning kan muligvis forklares ved ændrede definitioner i de tekniske anvisninger. I den første kortlægningsrunde indgik kendskabet til lokale vandindvindinger således i vurderingerne af effekterne af afvanding. I anden og tredje runde blev beskrivelserne af kategorierne ændret og der blev lagt større vægt på omfanget af grøfter og dræn, mens effekterne af vandindvinding blev nedtonet. Endelig ses en stigning i scoren for eutrofiering, hvilket kunne tyde på, at en mindre andel af arealet er tydeligt påvirket af næringsstoffer, men ændringen kan også hænge sammen med metodiske ændringer (fx opdeling af arealer med forskelligt forvaltningsbehov) og en mere grundig kortlægning, særligt fra første til anden kortlægning. En del af forklaringen på stigningen i scoren fra første til anden kortlægning, kan være, at det efter den første kortlægning blev præciseret, at registreringen kun omfatter arealandelen med tydelig eutrofiering og at diffus, luftbåren eutrofiering ikke tæller med. I kontrolovervågningen er der således ingen tegn på en bedring af næringsstatus i de tidvis våde enge. Da det kortlagte areal med naturtypen stiger gennem kortlægningsperioden (se Tabel 6410.101), kan ændringerne ikke umiddelbart tages som udtryk for omfanget af de reelle forandringer i den strukturelle tilstand.

Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 6410.103. Naturlige forstyrrelser, i form af græsning og oversvømmelser, formår kun i ringe grad at skabe og fastholde åbninger i vegetationen. Således har stort set hele arealet med tidvis våd eng en dækning af bar jord på mindre end 5 %. Dækningen af mosser er relativt lav, og tørvemosser næsten fraværende. Middelhøje græsser og urter dominerer vegetationsdækket, mens dværgbuske og høje græsser er mere spredt forekommende. Vedplantedækningen er moderat og knap en fjerdedel af det kortlagte areal har en vedplantedækning over 10 %, mens invasive plantearter er spredt forekommende (se også Tabel 6410.104). Der er græsning på godt halvdelen af arealet med tidvis våd eng, mens en mindre andel af de kortlagte arealer er forvaltet med høslæt eller slåning. Der er registreret afvanding på to femtedele af det kortlagte areal, men der er kun tydelig afvanding i form af udrettede vandløb, fungerende grøfter eller drænrør på 14 %. Der er stort set ikke registreret tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring samt randpåvirkninger fra tilstødende marker. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning og betydningen af begrænsninger i den naturlige hydrologi ved afvanding og vandindvinding er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.