Skovenes tilstand er dokumenteret ved en række indikatorer, der afspejler skovenes strukturelle variation, skovkontinuitet, påvirkninger fra skovdrift og de hydrologiske forhold. Indikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier og fordelingen af hver enkelt er vist i Figur 2180.101.
Kortlægningsdata viser, at de kortlagte forekomster med skovklit er relativt mørke og tætte med et moderat kronedække, men også få skovlysninger og artsrige skovbryn, samt en relativt lille dækning af artsrig underskov. Kronedækket er relativt høj i skovklit og på 70 % af arealet dækker træernes kroner mere end 90 % af arealet, hvilket indikerer, at skovene er ret mørke, men at der trænger lidt mere lys ned gennem kronelaget end i de fleste andre skovtyper. Det skyldes især, at stilk-eg, skov-fyr, almindelig røn, vorte-birk og dun-birk, der er blandt de dominerende træarter i skovklit, alle er lystræer med et åbent løv, der slipper relativt meget lys gennem selv et tæt kronelag. Ydre skovbryn findes i skove, der støder op til lysåbne arealer, mens indre skovbryn forekommer i forbindelse med lysninger inde i skoven. Ydre og indre skovbryn med naturlig lysåben vegetation er ikke særligt udbredte i skovklit. Således er der fravær af skovbryn på mere end 40 % af det kortlagte areal med skovklit, og der er artsrige skovbryn på blot 10 % af arealet. Tilsvarende udgør skovlysninger med blomstrende urter og buske og lysstillede vandhuller en relativt lille andel af det kortlagte areal. Artsrig underskov af buske og træer, der ikke er en af hovedtræarterne, udgør en relativt lille andel af det kortlagte areal med skovklit. Naturlige forstyrrelser i form af bid, barkskrælning og fejning fra hjortevildt eller husdyr vurderes generelt at være vigtige for at skabe variation i skoven i form af lys, veterantræer og dødt ved. Der er registreret spor efter forstyrrelser i form af vildtbid på 22 % af arealet, men kun omfattende forstyrrelser af vedplanterne på ganske få forekomster med skovklit. Skovbunden har et tæt vegetationsdække og tilsvarende en meget lav dækning af bar jord, førne og blade. Endelig er der registreret invasive arter på en relativt stor andel af det kortlagte areal med skovklit i forhold til de øvrige skovtyper (se også Tabel 2180.103).
En stor gruppe af arter er knyttet til overfladen af gamle træer (epifytter) og til ved under nedbrydning, både i hulheder eller rådne partier på ellers levende træer og i døde grene og stammer. Disse levesteder er direkte påvirkede af forstlig hugst af biologisk unge træer og fjernelse af dødt ved. Skovklit er en ung skovtype, og de strukturer, der kendetegner gamle skove med lang kontinuitet, vil naturligt være langt mindre udbredte end i de øvrige skovtyper. Således har de kortlagte arealer med skovklit meget få store træer og meget lave mængder af dødt ved. Men der er også få træer med veterantræskarakterer i form af hulheder og råd, samt bevoksninger af mosser og laver på stammer og grene.
Antallet af store hjemmehørende træer er en væsentlig indikator for skovenes biologiske tilstand, idet det afspejler intensiteten af skovdriften og fordi gamle træer udvikler særlige strukturer (furet bark, hulheder mv.), som er værdifulde for skovens insekt- og epifytsamfund. Der er meget få store træer på de kortlagte forekomster med skovklit og mindre end 12 % af arealet rummer mere end 6 store træer pr ha. Dette er færre end kontrolovervågningens prøvefelter, hvor der i gennemsnit er registreret 17 store træer pr ha. En del af forklaringen er, at størrelsesgrænsen for store træer af eg og bøg er lavere i kontrolovervågningen (50 cm) end i kortlægningen (60 cm). Der er registreret mere end 6 liggende døde stammer på blot 21 % og mere end 6 stående døde stammer på 1 % af det kortlagte areal med skovklit. Tilsvarende er der fundet mindre end 1 liggende død stamme på 23 % og mindre end 1 stående død stamme på 50 % af det kortlagte areal. Det døde ved findes fortrinsvis som efterladte vedstykker på skovbunden, nedfaldne grene eller væltede stammer (liggende dødt ved), og i mindre omfang som stående døde træer, væltede døde træer med rodkontakt og døde grene på levende stammer (stående dødt ved). I kortlægningen registreres det døde ved som antallet af relativt store vedstykker, der opfylder mindstemålene på en diameter over 20 cm og en længde over 2 m. Mængden af dødt ved kan derfor ikke umiddelbart sammenlignes med kontrolovervågningens og Danmarks Skovstatistiks opgørelser af rumfanget af det døde ved (Johansen m.fl. 2013). Antallet af døde stammer understøtter resultaterne fra kontrolovervågningen, der har vist, at mængden af liggende og stående dødt ved i skovklit inden for habitatområderne er meget lav (hhv. 3,2 og 1,2 m3 pr. ha).
Træer med råd eller hulheder skaber levesteder for vedboende arter af svampe og insekter (især biller), men også fugle og pattedyr er knyttet til hulheder og råd i stammen af levende træer. Der er meget få levende træer med hulheder og rådne partier på de kortlagte forekomster med skovklit. Således rummer blot 10 % af arealet mere end 6 træer med hulheder eller råd pr ha, hvilket er markant færre end i kontrolovervågningens prøvefelter, hvor der i gennemsnit er registreret 10 levende træer med hulheder og 10 med rådne partier pr ha. Denne forskel hænger sammen med, at det er tidskrævende at identificere hulheder og rådne partier og kortlægningens mere oversigtlige registreringsmetode vil typisk underestimere omfanget. Endelig er der registreret relativt få levende træer med veludviklet bevoksning af mosser eller hudagtige eller buskede laver på stammer og grene. Blot på 9 % af arealet er der registreret mere end 6 træer pr ha med mosser og laver.
Kortlægningsdata viser, at der kun i mindre omfang er spor efter skovdrift i form af hugst og tynding af træer, jordbearbejdning og kørespor efter tunge maskiner i skovklit inden for habitatområderne. Der er således registreret færre end 1 træstub eller stød pr ha efter tidligere hugstindgreb på hele 66 % af arealet og på ingen af de kortlagte forekomster er der flere end 20 stubbe eller stød pr. ha. Der er ingen tegn på jordbearbejdning i forbindelse med anlæggelse af nye skovarealer og til fremme af selvforyngelsen på stort set hele det kortlagte areal. Der er stort set ingen spor efter tunge skovningsmaskiner uden for befæstede veje. En relativt stor andel af arealet med skovklit er domineret af unge/tynde stammer (diameter <5 cm) af de træarter, der er typiske for naturtypen (fx stilk-eg, skov-fyr, almindelig røn og vorte-birk). På 26 % af det kortlagte areal er der således udbredt dominans af unge stammer (på 50-100 % af arealet).
De hydrologiske forhold i skovklit er dokumenteret ved omfanget af afvanding, samt forekomsten af naturlige vandløb og udbredelsen af vandhuller og vådområder. Skovklitterne findes fortrinsvis på naturligt veldrænet bund, uden tydelige tegn på vedligeholdte og nygravede grøfter, meget få vandløb og meget spredt forekomst af vådområder i form af skovsøer, skovsumpe og moser. Mere end 70 % af arealet findes således på naturligt veldrænet bund eller på fugtig-våd bund uden synlig afvanding i form af grøfter og dræn. På 28 % af arealet med skovklit er der tegn på moderat afvanding i form af grøfter, der ikke fungerer eller ikke er vedligeholdt, mens der ikke er tydelige tegn på vedligeholdte og nygravede grøfter på nogen af de kortlagte forekomster med naturtypen. Skovklit rummer meget få vandløb og på 98 % af arealet er der ikke registreret vandløb, mens der er vandløb i naturligt leje på blot 2 %. Endelig er der fravær eller meget spredt forekomst af vådområder på langt hovedparten af arealet med skovklit og kun ganske få kortlagte skove rummer udbredte vådområder i form af skovsøer, skovsumpe og moser.
