Skovenes tilstand er dokumenteret ved en række indikatorer, der afspejler skovenes strukturelle variation, skovkontinuitet, påvirkninger fra skovdrift og de hydrologiske forhold. Indikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier og fordelingen af hver enkelt er vist i Figur 9190.101.
Kortlægningsdata viser, at de kortlagte forekomster med stilkegekrat er relativt mørke og tætte med et højt kronedække, nogle artsrige skovbryn og få skovlysninger og en stor dækning af artsrig underskov. Kronedækket er relativt høj i stilkegekrat og på 80 % af arealet dækker træernes kroner mere end 90 % af arealet, hvilket indikerer, at der ikke trænger meget lys ned gennem kronelaget. Stilk-eg, der er den dominerende træart i stilkegekrat, er et lystræ (Ellenberg’ indikatorværdi for lys er 7) med et åbent løv, der slipper relativt meget lys gennem selv et tæt kronelag. Ydre skovbryn findes i skove, der støder op til lysåbne arealer, mens indre skovbryn forekommer i forbindelse med lysninger inde i skoven. Ydre og indre skovbryn med naturlig lysåben vegetation er relativt udbredte i stilkegekrat. Således er der fravær af skovbryn på omtrent 30 % af det kortlagte areal med stilkegekrat, og der er artsrige skovbryn på mere end 25 % af arealet. Tilsvarende udgør skovlysninger med blomstrende urter og buske og lysstillede vandhuller en relativt lille andel af det kortlagte areal. Artsrig underskov af buske og træer, der ikke er en af hovedtræarterne, udgør en stor andel af det kortlagte areal med stilkegekrat. Naturlige forstyrrelser i form af bid, barkskrælning og fejning fra hjortevildt eller husdyr vurderes generelt at være vigtige for at skabe variation i skoven i form af lys, veterantræer og dødt ved. Der er registreret spor efter forstyrrelser i form af vildtbid på 12 % af arealet, men kun omfattende forstyrrelser af vedplanterne på ganske få forekomster med stilkegekrat. Skovbunden har et åbent vegetationsdække og tilsvarende en relativt høj dækning af bar jord, førne og blade. Endelig er der registreret invasive arter på en relativt lille andel af det kortlagte areal med stilkegekrat (se også Tabel 9190.103).
En stor gruppe af arter er knyttet til overfladen af gamle træer (epifytter) og til ved under nedbrydning, både i hulheder eller rådne partier på ellers levende træer og i døde grene og stammer. Disse levesteder er direkte påvirkede af forstlig hugst af biologisk unge træer og fjernelse af dødt ved. De kortlagte arealer med stilkegekrat rummer få store træer, få levende træer med hulheder og råd, og meget lave mængder af dødt ved, men også relativt mange levende træer med mosser og laver. Antallet af store hjemmehørende træer er en væsentlig indikator for skovenes biologiske tilstand, idet det afspejler intensiteten af skovdriften og fordi gamle træer udvikler særlige strukturer (furet bark, hulheder mv.), som er værdifulde for skovens insekt- og epifytsamfund. Der er meget få store træer på de kortlagte forekomster med stilkegekrat og mindre end 13 % af arealet rummer mere end 6 store træer pr. ha. Dette er overensstemmende med resultaterne fra kontrolovervågningens prøvefelter, hvor der i gennemsnit er registreret 4.1 store træer pr. ha. Der er registreret mere end 6 liggende døde stammer på blot 35 % og mere end 6 stående døde stammer på 27 % af det kortlagte areal med stilkegekrat. Tilsvarende er der fundet mindre end 1 liggende død stamme på 22 % og mindre end 1 stående død stamme på 33 % af det kortlagte areal. Det døde ved findes fortrinsvis som efterladte vedstykker på skovbunden, nedfaldne grene eller væltede stammer (liggende dødt ved), og i mindre omfang som stående døde træer, væltede døde træer med rodkontakt og døde grene på levende stammer (stående dødt ved). I kortlægningen registreres det døde ved som antallet af relativt store vedstykker, der opfylder mindstemålene på en diameter over 20 cm og en længde over 2 m. Mængden af dødt ved kan derfor ikke umiddelbart sammenlignes med kontrolovervågningens og Danmarks Skovstatistiks opgørelser af rumfanget af det døde ved (Johansen m.fl. 2013). Antallet af døde stammer understøtter resultaterne fra kontrolovervågningen, der har vist, at mængden af liggende og stående dødt ved i stilkegekrat inden for habitatområderne er meget lav (hhv. 3,4 og 3,4 m3 pr. ha).
Træer med råd eller hulheder skaber levesteder for vedboende arter af svampe og insekter (især biller), men også fugle og pattedyr er knyttet til hulheder og råd i stammen af levende træer. Der er relativt få levende træer med hulheder og rådne partier på de kortlagte forekomster med stilkegekrat. Således rummer blot 40 % af arealet mere end 6 træer med hulheder eller råd pr. ha, hvilket er markant færre end i kontrolovervågningens prøvefelter, hvor der i gennemsnit er registreret 11 levende træer med hulheder og 25 med rådne partier pr. ha. Denne forskel hænger sammen med, at det er tidskrævende at identificere hulheder og rådne partier, hvorfor kortlægningens mere oversigtlige registreringsmetode typisk vil underestimere omfanget. Endelig er der registreret relativt mange levende træer med veludviklet bevoksning af mosser eller hudagtige eller buskede laver på stammer og grene, og på 60 % af arealet er der registreret mere end 6 træer pr. ha med mosser og laver.
Kortlægningsdata viser, at der kun i mindre omfang er spor efter skovdrift i form af hugst og tynding af træer, jordbearbejdning og kørespor efter tunge maskiner i stilkegekrat inden for habitatområderne. Der er således registreret mindre end 1 træstub eller stød pr. ha efter tidligere hugstindgreb på hele 72 % af arealet og på ganske få kortlagte forekomster er der flere end 20 stubbe eller stød pr. ha. Der er ingen tegn på jordbearbejdning i forbindelse med anlæggelse af nye skovarealer og til fremme af selvforyngelsen på hele det kortlagte areal. Der er stort set ingen spor efter tunge skovningsmaskiner uden for befæstede veje. En relativt lille andel af arealet med stilkegekrat er domineret af unge/tynde stammer (diameter < 5 cm) af de træarter, der er typiske for naturtypen (fx stilke-eg og bøg). På 3 % af det kortlagte areal er der således udbredt dominans af unge stammer (på 50-100 % af arealet).
De hydrologiske forhold i stilkegekrat er dokumenteret ved omfanget af afvanding, samt forekomsten af naturlige vandløb og udbredelsen af vandhuller og vådområder. Stilkegekrat findes fortrinsvis på naturligt veldrænet bund, med få vandløb og meget spredt forekomst af vådområder i form af skovsøer, skovsumpe og moser. Omtrent 90 % af arealet findes på naturligt veldrænet bund eller på fugtig-våd bund uden synlig afvanding i form af grøfter og dræn. På 9 % af arealet med stilkegekrat er der tegn på moderat afvanding i form af grøfter, der ikke fungerer eller ikke er vedligeholdt, mens der ikke er tydelige tegn på vedligeholdte og nygravede grøfter på nogen af de kortlagte forekomster med naturtypen. Stilkegekrat rummer få vandløb og på 95 % af arealet er der ikke registreret vandløb, mens der er vandløb i naturligt leje på blot 3 %. Endelig er der fravær eller meget spredt forekomst af vådområder på langt hovedparten af arealet med stilkegekrat og kun ganske få kortlagte skove rummer udbredte vådområder i form af skovsøer, skovsumpe og moser.
