De mest betydende påvirkningsfaktorer for enårig strandengsvegetation er begrænsninger af de naturlige processer, som naturtypens arter og deres sammenspil evolutionært er udviklet under.
Kystbeskyttende foranstaltninger (høfder, diger og dæmninger) og sediment- og sandflugtsdæmpende metoder (faskiner) begrænser de naturlige kystprocesser - oversvømmelser, erosion og aflejringer - som skaber og opretholder levestederne langs kysterne.
Overalt i naturen er arterne tilpasset tilstedeværelsen af store planteædere året rundt, også på strandengene, men overvågningsdata viser, at der mangler græssende dyr på en vis andel af arealet. De vilde planteædere er til stede, men i unaturligt lave tætheder på grund af jagt, som reducerer vildtbestandene og ændrer dyrenes fødesøgnings- og bevægelsesmønstre. Fravær af en naturlig græsningsproces medfører en kaskade af effekter, såsom manglende variation i vegetationsstrukturen, tab af levesteder for varme- og lyskrævende arter og manglende kontinuitet af levesteder for møgbiller og møgsvampe. I naturlige økosystemer efterlades ådsler fra store pattedyr, og de fungerer som en nøgleressource for en bred vifte af arter. Fjernelse af ådsler fører derfor til en yderligere kompromittering af de store græsseres økosystemeffekter. Det samme gælder tilskudsfodring og brug af veterinærlægemidler. Græsningsprocessen hindres også af intensiv sommergræsning, der reducerer den strukturelle variation, begrænser blomstring og frøsætning, og medfører et fravær af lort om vinteren. Maskinel høslæt vil yderligere udligne vegetationens og jordbundens strukturelle variation (fx tuer og knolde).
De naturlige hydrologiske processer begrænses af afvanding gennem drænrør, drængrøfter og kanalisering, der leder vand væk fra naturarealerne. Afvanding af tilstødende landbrugsarealer har en tilsvarende drænende effekt. Afvanding sænker vandstanden og reducerer både vandmætning, fluktuationer og mængden af grundvand, der strømmer ud. Dette ændrer levevilkårene for arter, der er tilpasset naturtypens specifikke hydrologiske forhold. Udtørringen øger desuden tilgængeligheden af næringsstoffer og fremskynder tilgroningen med høje græsser og urter.
Naturtypens tilstand påvirkes i mindre grad også af høst eller indsamling af vilde planter.
Det forventes endvidere, at arealet og tilstanden af naturtypen i den nærmeste fremtid (de kommende 12 år) vil blive påvirket af klimaændringer i form af ekstreme temperaturer og havstigninger.
Tabel 1310.204. Oversigt over de faktorer, der vurderes at have påvirket naturtypens tilstand i den aktuelle rapporteringsperiode (2019-2024). For hver påvirkningsfaktor er vist koden i den fælles europæisk liste (EIONET 2023), den danske gruppering og en kort titel, der beskriver påvirkningsfaktoren under danske forhold. Hver påvirkningsfaktor er karakteriseret ved dens betydning (høj, medium eller lav) og hvor stor en andel af naturtypens areal der vurderes at være påvirket (”omfang”). Timingen er ”igangværende” for alle faktorer, undtaget klimaændringerne, der er angivet som forventet i nær fremtid. En mere detaljeret beskrivelse af påvirkningsfaktorerne kan ses her.