Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand på indlandssaltenge en høj dækning af lave græsser og urter og en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 2-5 i Fredshavn og Ejrnæs 2009). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. På indlandssaltenge tillægges hydrologiske modifikationer i form af dræn, grøfter og regulerede vandløb og forekomsten af negative naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (Tabel 1340.105).
Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de tre kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 1340.105. Det er primært tilstedeværelsen af negative naturtypekarakteristiske strukturer og i mindre grad tegn på afvanding samt græs- og urtevegetationens højdefordeling (lave, middelhøje og høje græsser og urter), der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen. For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de tre kortlægningsperioder.
Der er en tydelig stigning i scoren for de negative naturtypekarakteristiske strukturer, særligt fra første til anden kortlægning, hvilket er en del af forklaringen på det højere strukturindeks (se Tabel 1340.102). Der er indgået en række nye plejeaftaler siden 2014 som en del af naturplanindsatsen, hvilket kan forklare en stigende udbredelse af græsning. Der ses også ret markante ændringer i indikatoren for afvanding, hvilket kunne tyde på, at flere indlandssaltenge har fået et mere naturligt hydrologisk regime. En del af ændringen i afvandingsindikatoren fra første til anden kortlægning kan muligvis forklares ved ændrede definitioner i de tekniske anvisninger. I den første kortlægningsrunde indgik kendskabet til lokale vandindvindinger således i vurderingerne af effekterne af afvanding. I anden og tredje runde blev beskrivelserne af kategorierne ændret og der blev lagt større vægt på omfanget af grøfter og dræn, mens effekterne af vandindvinding blev nedtonet. Tilsvarende er scoren for eutrofiering steget, som tegn på at en mindre andel af vegetationen er tydeligt påvirket af næringsstoffer. En del af forklaringen på stigningen i scoren fra første til anden kortlægning, er at det efter den første kortlægning blev præciseret, at registreringen kun omfatter arealandelen med tydelig eutrofiering og at diffus, luftbåren eutrofiering ikke tæller med. I kontrolovervågningen er der således ingen tegn på en bedring af det hydrologiske regime og næringsstatus på indlandssaltengene. Endelig er der en markant stigning i udbredelsen af positive naturtypekarakteristiske strukturer fra anden til tredje kortlægningsperiode , men denne indikator har kun 3 % betydning i beregningerne af strukturindekset.
Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 1340.103. Det ses, at græssede indlandssaltenge udgør omtrent to tredjedele af arealet, men at der samtidig er en relativt høj dækning med høje græsser (især tagrør) og urter. Vegetationen er således åben og med lavtvoksende græs- og urtevegetation på mindre end halvdelen af arealet, ligesom andelen af middelhøj vegetation er relativt lav. Naturlige forstyrrelser, i form af græsning og erosion, har skabt åbninger i vegetationsdækket på en forsvindende lille andel af arealet. Vedplantedækningen er lav da en stor andel af arealer er græsset og få danske arter af vedplanter er tilpasset salte levesteder og der er ikke registreret invasive plantearter. Ingen af de kortlagte indlandssaltenge er forvaltet med høslæt eller slåning.
Naturtypen er en grundvandsbetinget naturtype, der findes hvor saltholdigt grundvand vælder frem eller trykkes op i rodzonen. Der er registreret tegn på afvanding på næsten 80 % af arealet med indlandssalteng, men er kun i form af perifere eller ikke-funktionsdygtige grøfter. Ændringer af grundvandstrykket som følge af vandindvinding på en større skala er ikke omfattet af kortlægningen. Der er ikke registreret tydelig eutrofiering fra direkte gødskning og tilskudsfodring samt randpåvirkninger fra tilstødende marker. Kontrolovervågningen har dog vist, at næringselskende arter er vidt udbredte på indlandssaltengene. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning og betydningen af begrænsninger i den naturlige hydrologi ved afvanding og vandindvinding er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.
Som en del af strukturtilstanden er registreret en række positive og negative naturtypekarakteristiske strukturer, der er specifikke for den enkelte naturtype (link). Stor udbredelse af positive strukturer indikerer, at forekomsterne med indlandssaltengene har lang græsningskontinuitet, frie dynamiske processer (fx i form af fremstrømmende grundvand) og er relativt upåvirkede af kulturindgreb i form af omlægning, afvanding og næringspåvirkning. Stor udbredelse af negative strukturer indikerer, at indlandssaltengene er stærkt kulturpåvirkede og at de dynamiske processer er begrænsede, eksempelvis i form af afvanding.
Der er registreret lidt større udbredelse af positive end negative naturtypekarakteristiske strukturer på indlandssaltengene (Figur 1340.104). Fugtig, blottet eller optrådt jordbund er det klart mest udbredte eksempel på positive strukturer, mens monoton og artsfattig vegetation uden væsentlig variation er den mest udbredte negative struktur.