Strukturindekset er beregnet ud fra feltobservationer af en række indikatorer, der afspejler vegetationens struktur og påvirkningsfaktorer. Det gælder forekomsten af invasive plantearter, græsning/høslæt og en række naturtypekarakteristiske strukturer, modifikationer af hydrologi og kystdynamik samt landbrugsmæssige påvirkninger. Strukturindikatorernes udbredelse på de kortlagte arealer er registreret i kategorier, der hver især tildeles en score i forhold til den optimale fordeling for naturtypen. Eksempelvis er den optimale tilstand på kystklint og -klippe en høj dækning af bar jord, en høj dækning af lave græsser og urter, og en lav dækning af høje græsser og urter (se Tabel 2-4 i Fredshavn og Nygaard 2014). Desuden vægtes indikatorerne indbyrdes i forhold til deres betydning for en gunstig tilstand for naturtypen. For kystklint og -klippe tillægges tegn på kystsikring og eutrofiering, dækningen af bar jord, samt de naturtypekarakteristiske strukturer en relativt stor betydning for om strukturtilstanden er gunstig (Tabel 1230.105).
Strukturindikatorernes gennemsnitlige scorer i de to kortlægningsrunder, og dermed afvigelsen fra en optimal strukturtilstand, er vist i Tabel 1230.105. Det er primært er dækningen af bar jord og lave græsser og urter, tegn på eutrofiering samt tilstedeværelsen af negative naturtypekarakteristiske strukturer, der har trukket strukturindekset ned fra en optimal tilstand for naturtypen. Andre indikatorer, som eksempelvis dækningen af lave og middelhøje græsser og urter, er langt fra den optimale tilstand for naturtypen, men tillægges en lille betydning i beregningerne af strukturindekset.
For hovedparten af indikatorerne er de gennemsnitlige scorer ikke væsentligt forskellige i de to kortlægningsperioder. Der er dog en markant stigning i scoren for de negative naturtypekarakteristiske strukturer (med 20 % betydning i strukturindekset), hvilket er en del af forklaringen på det højere strukturindeks i den seneste kortlægning. Denne ændring kan dog delvist tilskrives en ændring af de naturtypekarakteristiske strukturer, hvor tilgroning med vedplanter er udskiftet med forekomst af kystsikring på skråning og skræntfod, der er langt mindre udbredt i naturtypen. Da det kortlagte areal med naturtypen stiger fra anden til tredje kortlægningsperiode (se Tabel 1230.101), kan ændringerne i scorerne ikke umiddelbart tages som udtryk for det fulde omfang af forandringerne i naturtypens strukturelle tilstand.
Fordelingen af strukturindikatorerne for den seneste kortlægning er vist i Figur 1230.103. Bar jord er meget udbredt og med en dækning over 30 % på mere end halvdelen af det kortlagte areal. Græs- og urtevegetationen er relativt høj og tæt og den mellemste højdeklasse (15-50 cm) er mest udbredt. På halvdelen af arealet med naturtypen er dækningen af lave græsser og urter mindre end 5 % og på yderligere en fjerdedel er dækningen under 10 %. Invasive plantearter er spredt forekommende (se også Tabel 1230.104). Tørvemosser og dværgbuske er naturligt fraværende på kystklint og -klippe og laver og mosser forekommer kun på en mindre andel af arealet og typisk med en lav dækning. Vedplanter er ret udbredte og dækker mere end 50 % på halvdelen af det kortlagte areal. Dækningen af vedplanter og bar jord peger på en langt større grad af tilgroning end udtrykt i kontrolovervågningens prøvefelter. Det tyder på begrænsninger af de naturlige forstyrrelser i form af erosion fra havet og græssende dyr, hvilket hænger sammen med, at der kun er registreret tegn på græsning på 15 % af det kortlagte areal. Til gengæld er der kun undtagelsesvis fundet tegn på en begrænsning af den naturlige kystdynamik. Der er heller ikke fundet tydelige tegn på direkte gødskning eller randpåvirkninger fra tilstødende marker på lang hovedparten af det kortlagte areal med kystklint- og klippe. Helt generelt er næringspåvirkningen vanskelig at opgøre på den skala kortlægningen er foretaget på. Artssammensætningen i kontrolovervågningens prøvefelter og de hyppigst registrerede arter på de kortlagte arealer (Tabel 1230.103.A) peger da også på, at næringselskende arter er udbredte i naturtypen. Den høje tilgængelighed af næringsstoffer kan kun delvist forklares ved at blotlægningen af friske jordlag giver fri adgang for planterne til lerjordens næringsstoffer. Omfanget af historisk og nutidig næringsstofbelastning, betydningen af begrænsninger i den naturlige kystdynamik og effekterne af afvanding og vandindvinding på de hydrologiske forhold er vanskeligt at vurdere og i særdeleshed, når vurderingerne skal gøres i felten og på luftfotos samt på den skala kortlægningen foretages på. Vurderingerne af effekterne på habitattyperne vil derfor være forbundet med stor usikkerhed og vil sandsynligvis være underestimeret. Vurdering af tilgroning er lettere at foretage og dokumentere i felten baseret på ophobet plantemateriale og kolonisering af buske og træer.
Som en del af strukturtilstanden er registreret en række positive og negative naturtypekarakteristiske strukturer, der er specifikke for den enkelte naturtype (link). Stor udbredelse af positive strukturer indikerer, at forekomsterne med kystklint eller -klippe har lang kontinuitet med frie dynamiske processer (i form af erosion) og er relativt upåvirkede af kulturindgreb i form af næringspåvirkning. Stor udbredelse af negative strukturer indikerer, at forekomsterne med kystklint eller -klippe er stærkt kulturpåvirkede og at de dynamiske processer er begrænsede, eksempelvis i form af kystsikring.
Der er registreret meget større udbredelse af positive end negative naturtypekarakteristiske strukturer på kystklint eller -klippe (Figur 1230.104). Stejle uopdyrkelige skrænter, partier med erosion og skred samt udyrkede bufferzoner langs toppen af klinten er de mest udbredte eksempler på positive strukturer. Tilsvarende er forekomsten af problemarter som almindelig rajgræs, agertidsel, stor nælde og vild kørvel, kystsikring af skråninger og skræntfod samt næringspåvirkning fra landbrugsdrift på øvre arealer de mest udbredte eksempler på negative strukturer.
